Identifikasi Spesies Isolat Bakteri K2Br5 dari Tanah Karst dengan Sistem Kekerabatan Melalui Analisis Urutan Nukleotida Gen 16S rRNA

Abstract

Bakteri adalah kelompok organisme yang tidak memiliki membran inti sel. Setiap bakteri memiliki jenis yang berbeda-beda. Perlu adanya identifikasi untuk mengetahui suatu jenis bakteri sehingga dapat dimanfaatkan secara maksimal. Identifikasi bakteri dapat dilakukan secara fenotip maupun genotip. Namun, identifikasi secara fenotip memiliki kelemahan yakni sering terjadi kesalahan dalam membedakan spesies dan galur bakteri. Tujuan dari penelitian yang dilakukan adalah untuk menentukan spesies bakteri dengan kode K2Br5 yang telah diisolasi dari kawasan tanah Karst. Pada penelitian ini dilakukan analisis secara genotip dengan mengisolasi DNA kromosom dari bakteri Bacillus sp. K2Br5 yang kemudian dilakukan proses amplifikasi dengan metode PCR menggunakan primer universal BactF1 maju dan UniB1 mundur untuk memperoleh fragmen gen 16s rRNA. Fragmen gen yang diperoleh selanjutnya disekuensing untuk mengetahui urutan nukleotide. Hasil analisis urutan nukleotida gen 16s rRNA menunjukkan bahwa bakteri Bacillus sp. K2Br5 memiliki kemungkinan berkerabat dengan Paraclostridium bifermentans atau dikenal juga dengan nama Bacillus bifermentas.

Keywords

• biokimia