Prevalence of specific and recurrent/founder pathogenic variants in BRCA genes in breast and ovarian cancer in North Africa
Oubaida ElBiad,
Abdelilah Laraqui,
Fatima El Boukhrissi,
Chaimaa Mounjid,
Maryame Lamsisi,
Tahar Bajjou,
Hicham Elannaz,
Amine Idriss Lahlou,
Jaouad Kouach,
Khadija Benchekroune,
Mohammed Oukabli,
Hafsa Chahdi,
Moulay Mustapha Ennaji,
Rachid Tanz,
Yassir Sbitti,
Mohammed Ichou,
Khalid Ennibi,
Bouabid Badaoui,
Yassine Sekhsokh
Affiliations
Oubaida ElBiad
Laboratoire de Recherche et de Biosécurité P3, Hôpital Militaire d’Instruction Mohammed V
Abdelilah Laraqui
Laboratoire de Recherche et de Biosécurité P3, Hôpital Militaire d’Instruction Mohammed V
Fatima El Boukhrissi
Laboratoire de Biochimie-Toxicologie, Hôpital Militaire Moulay Ismail Meknès, Faculté de Médecine et de Pharmacie, Université Sidi Mohamed Ben Abdellah
Chaimaa Mounjid
Laboratoire de Recherche et de Biosécurité P3, Hôpital Militaire d’Instruction Mohammed V
Maryame Lamsisi
Laboratoire de Virologie, Microbiologie, Qualité, Biotechnologies/Ecotoxicologie et Biodiversité, Faculté des sciences et techniques, Mohammadia, Université Hassan II
Tahar Bajjou
Laboratoire de Recherche et de Biosécurité P3, Hôpital Militaire d’Instruction Mohammed V
Hicham Elannaz
Unité de séquençage, Laboratoire de Virologie, Centre de Virologie, des Maladies Infectieuses et Tropicales, Hôpital Militaire d’Instruction Mohammed V, Faculté de Médecine et de Pharmacie, Université Mohammed V
Amine Idriss Lahlou
Unité de séquençage, Laboratoire de Virologie, Centre de Virologie, des Maladies Infectieuses et Tropicales, Hôpital Militaire d’Instruction Mohammed V, Faculté de Médecine et de Pharmacie, Université Mohammed V
Jaouad Kouach
Service de Gynécologie Obstétrique, Hôpital militaire d’Instruction Mohammed V, Faculté de Médecine et de Pharmacie, Université Mohammed V
Khadija Benchekroune
Service de Gynécologie Obstétrique, Hôpital militaire d’Instruction Mohammed V, Faculté de Médecine et de Pharmacie, Université Mohammed V
Mohammed Oukabli
Laboratoire d’Anatomopathologie, Hôpital militaire d’Instruction Mohammed V, Faculté de Médecine et de Pharmacie, Université Mohammed V
Hafsa Chahdi
Laboratoire d’Anatomopathologie, Hôpital militaire d’Instruction Mohammed V, Faculté de Médecine et de Pharmacie, Université Mohammed V
Moulay Mustapha Ennaji
Laboratoire de Virologie, Microbiologie, Qualité, Biotechnologies/Ecotoxicologie et Biodiversité, Faculté des sciences et techniques, Mohammadia, Université Hassan II
Rachid Tanz
Service d’Oncologie Médicale, Hôpital militaire d’Instruction Mohammed V, Faculté de Médecine et de Pharmacie, Université Mohammed V
Yassir Sbitti
Service d’Oncologie Médicale, Hôpital militaire d’Instruction Mohammed V, Faculté de Médecine et de Pharmacie, Université Mohammed V
Mohammed Ichou
Service d’Oncologie Médicale, Hôpital militaire d’Instruction Mohammed V, Faculté de Médecine et de Pharmacie, Université Mohammed V
Khalid Ennibi
Unité de séquençage, Laboratoire de Virologie, Centre de Virologie, des Maladies Infectieuses et Tropicales, Hôpital Militaire d’Instruction Mohammed V, Faculté de Médecine et de Pharmacie, Université Mohammed V
Bouabid Badaoui
Laboratoire de Biodiversité, Ecologie et Génome, Faculté des Sciences, Université Mohammed V
Yassine Sekhsokh
Laboratoire de Recherche et de Biosécurité P3, Hôpital Militaire d’Instruction Mohammed V
Abstract Background Elucidation of specific and recurrent/founder pathogenic variants (PVs) in BRCA (BRCA1 and BRCA2) genes can make the genetic testing, for breast cancer (BC) and/or ovarian cancer (OC), affordable for developing nations. Methods To establish the knowledge about BRCA PVs and to determine the prevalence of the specific and recurrent/founder variants in BRCA genes in BC and/or OC women in North Africa, a systematic review was conducted in Morocco, Algeria, and Tunisia. Results Search of the databases yielded 25 relevant references, including eleven studies in Morocco, five in Algeria, and nine in Tunisia. Overall, 15 studies investigated both BRCA1 and BRCA2 genes, four studies examined the entire coding region of the BRCA1 gene, and six studies in which the analysis was limited to a few BRCA1 and/or BRCA2 exons. Overall, 76 PVs (44 in BRCA1 and32 in BRCA2) were identified in 196 BC and/or OC patients (129 BRCA1 and 67 BRCA2 carriers). Eighteen of the 76 (23.7%) PVs [10/44 (22.7%) in BRCA1 and 8/32 (25%) in BRCA2] were reported for the first time and considered to be novel PVs. Among those identified as unlikely to be of North African origin, the BRCA1 c.68_69del and BRCA1 c.5266dupC Jewish founder alleles and PVs that have been reported as recurrent/founder variants in European populations (ex: BRCA1 c.181T>G, BRCA1 c1016dupA). The most well characterized PVs are four in BRCA1 gene [c.211dupA (14.7%), c.798_799detTT (14%), c.5266dup (8.5%), c.5309G>T (7.8%), c.3279delC (4.7%)] and one in BRCA2 [c.1310_1313detAAGA (38.9%)]. The c.211dupA and c.5309G>T PVs were identified as specific founder variants in Tunisia and Morocco, accounting for 35.2% (19/54) and 20.4% (10/49) of total established BRCA1 PVs, respectively. c.798_799delTT variant was identified in 14% (18/129) of all BRCA1 North African carriers, suggesting a founder allele. A broad spectrum of recurrent variants including BRCA1 3279delC, BRCA1 c.5266dup and BRCA2 c.1310_1313detAAGA was detected in 42 patients. BRCA1 founder variants explain around 36.4% (47/129) of BC and outnumber BRCA2 founder variants by a ratio of ≈3:1. Conclusions Testing BC and/or OC patients for the panel of specific and recurrent/founder PVs might be the most cost-effective molecular diagnosis strategy.
