توالی‌ یابی و آنالیز بیوانفورماتیکی ژن کاپا کازئین در جمعیت بزهای خلخالی ایران و سایر دام‌های اهلی

Abstract

در سال‌های اخیر به طور عمده چند شکلی‌های ژنتیک پروتئین شیر مورد توجه و تحقیق بیشتری بوده است. زیرا بین پروتئین شیر و صفات اقتصادی مهم در دام رابطه مستقیم وجود دارد. کاپا کازئین به‌عنوان عمده‌‌ترین پروتئین موجود در شیر نقش مهمی در شکل گیری میسل‌های موجود شیر و کمک به افزایش حلالیت کلسیم و فسفر ایفا می‌کند، از این‌ رو این مطالعه با هدف و رویکرد بررسی ژنتیکی و فیلوژنتیکی ناحیه اگزون 4 ژن کاپا کازئین با روش توالی یابی در جمعیت بز خلخالی و مقایسه آن با سایر گونه‌ها انجام گرفت. نتایج حاصل از توالی‌های منجر به شناسایی یک جهش در نمونه‌های توالی یابی شده گردید که باعث تغییر نوکلئوتید C به T در جایگاه اگزون چهار ژن کاپا کازئین گردید که منجر به تغییر کدون CCT به TCT می‌شود و باعث جایگزینی اسید آمینه پرولین به جای سرین می‌شود. آنالیز تنوع ژنتیکی در جمعیت بز خلخالی 524/0 به دست آمدکه نشان‌دهنده‌ تنوع ژنتیکی نسبتا مناسب می‌باشد. مقایسه توالی‌های جمعیت خلخالی با گونه‌های مختلف مانند بز، گاو ، گوسفند و گاو میش منجر به شناسایی 41 جهش شد که ایجاد 29 هاپلوتایپ مختلف با تنوع هاپلوتایپی 833/0 در گونه‌های مورد مطالعه می‌کند. تنوع نوکلئوتیدی و میانگین تفاوت نوکلئوتیدی (k) در بین گونه‌ها نیز به ترتیب برابر 04469/0 و 75436/ 11 به دست آمد.

Keywords

• تنوع نوکلئوتیدی
• توالی یابی
• چند شکلی تک نوکلئوتیدی
• کاپا کازئین
• هاپلوتیپ