Les principales méthodes de détection des bioagresseurs de quarantaine (Résumé)

Abstract

Dans le domaine forestier, la lutte contre les bioagresseurs de quarantaine commence par la prévention. Identifier rapidement et avec fiabilité un bioagresseur permet d’empêcher son entrée sur le territoire et d’envisager une éradication précoce en cas de découverte de foyer. Les méthodes d’identification utilisent principalement des techniques permettant de rechercher spécifiquement, a priori, un ou plusieurs bioagresseurs cibles dans un échantillon de plante ou de sol. L’essor des techniques d’amplification génique de type PCR (en point final ou en temps réel) a rendu ces détections très fiables et rapides. Une autre approche consiste à travailler sans a priori, en réalisant un inventaire microbiologique de l’échantillon à analyser. Elle a longtemps reposé sur des protocoles classiques de caractérisation morphologique, mais l’apport des nouvelles techniques de séquençage d’ADn [code-barres d’ADn (barcoding), séquençage environnemental (metabarcoding)] ou d’analyse du protéome (spectrométrie de masse MALDI-TOF) permet à présent d’identifier les bioagresseurs sans les rechercher a priori. Les perspectives en matière de méthode de détection sont nombreuses et s’orienteront peut-être vers des techniques ciblant plus spécifiquement les microorganismes sur la base de leur potentiel de pathogénicité.