Acta Biológica Colombiana (Jan 2003)
Identificación y análisis de secuencias consenso de RNAs de transferencia aminoácido específicos, según la procedencia biológica
Abstract
Desde el descubrimiento del código genético se han llevado a cabo varios estudios sobre el tRNA, debido a su gran importancia en la síntesis de proteínas. En este sentido, se realiza el presente estudio sobre la estructura primaria de la molécula y su relación con la teoría de coevolución del código genético, propuesta por Wong (1975). Se construyó una base de datos específica para tRNAs aminoácido específicos, con 10.504 secuencias únicas. Las secuencias se obtuvieron del Genebank y de Mathias Sprinzl y se organizaron en grupos, como sigue: archaebacteria, eubacteria, unicelulares, animales, plantas y cloroplasto. Las secuencias se alinearon usando Clustal y se obtuvieron los consenso con Genedoc, respetando siempre los grupos establecidos. Se empleo una metodología alternativa, en la cual se exploraron homologías desde 100% hasta 60%, en intervalos de 5%. Las secuencias consenso se agruparon mediante el algoritmo Neighbour-joining de Clustal X. Se encontró que las secuencias consenso tienen en promedio 47.30 bases, esto representa el 63.90% de la longitud promedio (74 bases) de las secuencias de tRNAs. Las secuencias consenso son ricas en bases con 100% de homología, lo cual representa cerca del 60.80% de la longitud total del consenso. Más aún, los consensos mostraron mayor proporción de bases CG en general. Los siguientes grupos son los más representativos: 1. "(ala,cys)" se encontró en eubacteria, unicelulares, animales y cloroplastos. 2. "(ile,ala)" se encontró en archaebacteria, eubacteria, unicelulares, plantas y cloroplastos. 3. "(ile,asn)" en archaeacteria, unicelulares, animales, plantas y cloroplastos. 4. "(ala,asn)" en archaebacteria, unicelulares, plantas y cloroplastos. Estos resultados muestran el alto grado de conservación de la estructura primaria de la molécula de tRNA y sugieren la existencia de huellas sobre el origen del código genético.
