ردیابی نشانه های انتخاب مثبت مرتبط با صفات مهم اقتصادی در نژادهای گوسفند ایرانی (زندی) و مصری (بارکی و راهمنی) با استفاده از روش hapFLK

Abstract

انتخاب طبیعی و مصنوعی در جهت افزایش فراوانی جهش­های جدیدی که در برخی از جمعیت­ها مفید هستند باعث بر جای گذاشتن نشانه­هایی در سطح ژنوم می­شود. هدف از پژوهش حاضر، شناسایی نشانه­های انتخاب بین نژادهای گوسفند بومی ایران با نژادهای مصری بود. بدین منظور از اطلاعات 96 رأس گوسفند زندی و 107 رأس گوسفند مصری (59 رأس بارکی و 48 رأس راهمنی) استفاده شد. پس از اجرای مراحل مختلف کنترل کیفیت داده­ها، برای شناسایی نشانه­های انتخاب از روش آماری hapFLK به ­وسیله نرم­افزارhapFLK نسخه 4/1 استفاده شد. ژن­های کاندیدا با استفاده از چندشکلی­های تک نوکئوتیدی (SNP­) که در بازه­ 1/0 درصد بالای ارزش hapFLK، واقع شده بودند با استفاده از برنامه BioMart شناسایی شدند. سپس عملکرد زیستی ژن­ها با استفاده از پایگاه اطلاعاتی PANTHER بررسی شده و برای تفسیر عملکرد ژن­های کاندیدا از پایگاه­های برخط GeneCards و UniProtKB استفاده شد. نتایج حاصل از hapFLK نشان داد که در مقایسه­ جمعیت گوسفند بومی زندی با نژادهای مصر،ی هفت ناحیه ژنومی روی کروموزوم­های یک، دو (سه منطقه)، 10، 25 و 26 شناسایی شدند. بررسی ژن­های گزارش شده در این مناطق نشان داد که در داخل یا مجاورت این نواحی، ژن­های DNAJB4، FNDC3B، GULP1، ACVR1 و FGF9 قرار داشتند. ژن­های موجود در این مناطق با سیستم ایمنی، سازگاری، تعداد بره متولد شده و رشد عضلات مرتبط هستند. نتایج این تحقیق می­تواند منبع اطلاعاتی ارزشمندی در زمینه شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با صفات در نژادهای مختلف گوسفند فراهم آورد. به هر حال، جهت شناسایی دقیق این ژن­ها و جایگاه­های کنترل کننده صفات کمّی یا QTLها لازم است مطالعات پیوستگی و عملکردی بیشتری انجام شود.

Keywords

• انتخاب
• پویش ژنومی
• تعداد نتاج متولد شده
• سازگاری
• گوسفند