Viruses (May 2022)
Dominance of Three Sublineages of the SARS-CoV-2 Delta Variant in Mexico
- Blanca Taboada,
- Selene Zárate,
- Rodrigo García-López,
- José Esteban Muñoz-Medina,
- Alejandro Sanchez-Flores,
- Alfredo Herrera-Estrella,
- Celia Boukadida,
- Bruno Gómez-Gil,
- Nelly Selem Mojica,
- Mauricio Rosales-Rivera,
- Angel Gustavo Salas-Lais,
- Rosa María Gutiérrez-Ríos,
- Antonio Loza,
- Xaira Rivera-Gutierrez,
- Joel Armando Vazquez-Perez,
- Margarita Matías-Florentino,
- Marissa Pérez-García,
- Santiago Ávila-Ríos,
- Juan Manuel Hurtado,
- Carla Ivón Herrera-Nájera,
- José de Jesús Núñez-Contreras,
- Brenda Sarquiz-Martínez,
- Víctor Eduardo García-Arias,
- María Guadalupe Santiago-Mauricio,
- Bernardo Martínez-Miguel,
- Julissa Enciso-Ibarra,
- Cristóbal Cháidez-Quiróz,
- Pavel Iša,
- Rosa María Wong-Chew,
- María-Eugenia Jiménez-Corona,
- Susana López,
- Carlos F. Arias
Affiliations
- Blanca Taboada
- Departamento de Genética del Desarrollo y Fisiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca 62210, Morelos, Mexico
- Selene Zárate
- Posgrado en Ciencias Genómicas, Universidad Autónoma de la Ciudad de México, Ciudad de México 03100, Mexico
- Rodrigo García-López
- Departamento de Genética del Desarrollo y Fisiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca 62210, Morelos, Mexico
- José Esteban Muñoz-Medina
- Coordinación de Calidad de Insumos y Laboratorios Especializados, Instituto Mexicano del Seguro Social, Ciudad de México 07760, Mexico
- Alejandro Sanchez-Flores
- Unidad Universitaria de Secuenciación Masiva y Bioinformática, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca 62210, Morelos, Mexico
- Alfredo Herrera-Estrella
- Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del IPN, Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad-Unidad de Genómica Avanzada, Irapuato 36824, Guanajuato, Mexico
- Celia Boukadida
- Centro de Investigación en Enfermedades Infecciosas, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas, Ciudad de México 14080, Mexico
- Bruno Gómez-Gil
- Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo AC, Mazatlán 82000, Sinaloa, Mexico
- Nelly Selem Mojica
- Centro de Ciencias Matemáticas, Universidad Nacional Autónoma de México, Morelia 58089, Michoacan, Mexico
- Mauricio Rosales-Rivera
- Departamento de Genética del Desarrollo y Fisiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca 62210, Morelos, Mexico
- Angel Gustavo Salas-Lais
- Laboratorio Central de Epidemiología, Instituto Mexicano del Seguro Social, Ciudad de México 02990, Mexico
- Rosa María Gutiérrez-Ríos
- Departamento de Microbiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca 62210, Morelos, Mexico
- Antonio Loza
- Departamento de Genética del Desarrollo y Fisiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca 62210, Morelos, Mexico
- Xaira Rivera-Gutierrez
- Departamento de Genética del Desarrollo y Fisiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca 62210, Morelos, Mexico
- Joel Armando Vazquez-Perez
- Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas, Ciudad de México 14080, Mexico
- Margarita Matías-Florentino
- Centro de Investigación en Enfermedades Infecciosas, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas, Ciudad de México 14080, Mexico
- Marissa Pérez-García
- Centro de Investigación en Enfermedades Infecciosas, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas, Ciudad de México 14080, Mexico
- Santiago Ávila-Ríos
- Centro de Investigación en Enfermedades Infecciosas, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas, Ciudad de México 14080, Mexico
- Juan Manuel Hurtado
- Unidad de Computo, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca 62210, Morelos, Mexico
- Carla Ivón Herrera-Nájera
- Instituto Mexicano del Seguro Social, Unidad de Investigación Médica Yucatán, Mérida 97150, Yucatán, Mexico
- José de Jesús Núñez-Contreras
- Unidad de Investigación Biomédica de Zacatecas, Instituto Mexicano del Seguro Social, Zacatecas 98000, Mexico
- Brenda Sarquiz-Martínez
- Laboratorio Central de Epidemiología, Instituto Mexicano del Seguro Social, Ciudad de México 02990, Mexico
- Víctor Eduardo García-Arias
- Centro de Investigación Biomédica de Occidente, Instituto Mexicano del Seguro Social, Guadalajara 44340, Jalisco, Mexico
- María Guadalupe Santiago-Mauricio
- Centro de Investigación Biomédica del Noreste, Instituto Mexicano del Seguro Social, Monterrey 64720, Nuevo León, Mexico
- Bernardo Martínez-Miguel
- División de Laboratorios Especializados, Instituto Mexicano del Seguro Social, Ciudad de México 07760, Mexico
- Julissa Enciso-Ibarra
- Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo AC, Mazatlán 82000, Sinaloa, Mexico
- Cristóbal Cháidez-Quiróz
- Laboratorio Nacional para la Investigación en Inocuidad Alimentaria, Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo AC, Culiacán 80129, Sinaloa, Mexico
- Pavel Iša
- Departamento de Genética del Desarrollo y Fisiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca 62210, Morelos, Mexico
- Rosa María Wong-Chew
- Laboratorio de Investigación en Enfermedades Infecciosas, División de investigación, Facultad de Medicina, Universidad Nacional Autónoma de Mexico, Ciudad de México 04510, Mexico
- María-Eugenia Jiménez-Corona
- Departamento de Epidemiología, Instituto Nacional de Cardiología Ignacio Chávez, Ciudad de México 14080, Mexico
- Susana López
- Departamento de Genética del Desarrollo y Fisiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca 62210, Morelos, Mexico
- Carlos F. Arias
- Departamento de Genética del Desarrollo y Fisiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca 62210, Morelos, Mexico
- DOI
- https://doi.org/10.3390/v14061165
- Journal volume & issue
-
Vol. 14,
no. 6
p. 1165
Abstract
In this study, we analyzed the sequences of SARS-CoV-2 isolates of the Delta variant in Mexico, which has completely replaced other previously circulating variants in the country due to its transmission advantage. Among all the Delta sublineages that were detected, 81.5 % were classified as AY.20, AY.26, and AY.100. According to publicly available data, these only reached a world prevalence of less than 1%, suggesting a possible Mexican origin. The signature mutations of these sublineages are described herein, and phylogenetic analyses and haplotype networks are used to track their spread across the country. Other frequently detected sublineages include AY.3, AY.62, AY.103, and AY.113. Over time, the main sublineages showed different geographical distributions, with AY.20 predominant in Central Mexico, AY.26 in the North, and AY.100 in the Northwest and South/Southeast. This work describes the circulation, from May to November 2021, of the primary sublineages of the Delta variant associated with the third wave of the COVID-19 pandemic in Mexico and highlights the importance of SARS-CoV-2 genomic surveillance for the timely identification of emerging variants that may impact public health.
Keywords