ارزیابی پنج روش استخراج DNA ژنومی برای کاربردهای مولکولی پایین دست در برگ‌های تازه و هرباریومی Astragalus fridae

Abstract

حفاظت از ذخایر ژنتیکی جزو حیاتی حفاظت از سرمایه ملی است. از آنجایی که منابع طبیعی توسط عوامل مختلفی از جمله تغییرات آب و هوایی و تغییر کاربری اراضی تهدید می‌شود، بنابراین ایجاد بانک ژن برای حفاظت از گونه‌های در خطر انقراض ضروری به نظر می‌رسد. Astragalus fridae Rech.f. (باقلاییان) گونه بومی خاک‌های گچی استان سمنان است که به دلیل پراکنش محدود و تخریب زیستگاه در حال انقراض می‌باشد. برای اطمینان از بقای این گونه، باید تلاش‌هایی برای استخراج DNA با کیفیت و کمیت بالا انجام شود. به این منظور، پنج روش استخراج ژنوم شامل پروتکل A (CTAB اصلی)، پروتکل B (CTAB بدون بتامرکاپتواتانول)، پروتکل C (CTAB بدون استات آمونیوم)، پروتکل D (روش اصلاح شده موری و تامسون) و پروتکل E (کیت گیاهی GeneAll)، از نظر توانایی آن‌ها در استخراج DNA از برگ‌های تازه و هرباریومی مورد ارزیابی قرار گرفتند. کیفیت و کمیت DNA توسط ژل الکتروفورز و اسپکتروفتومتری بررسی شد و قابلیت استفاده DNA خالص شده توسط PCR ناحیه ITS DNA ریبوزومی هسته‌ای مورد آزمایش قرار گرفت. بالاترین کیفیت ژنوم استخراج شده به پروتکل D با برگ‌های تازه اختصاص یافت. بیشترین غلظت DNA از برگ‌های تازه (پروتکل A) به دست آمد. اگرچه مقدار معقولی از ژنوم با کیفیت قابل قبول توسط پروتکل‌های B و C با برگ‌های خشک استخراج شد ولی منطقه ITS در این نمونه‌ها تکثیر نشد، بنابراین پروتکل‌های B و C برای استخراج ژنوم A. fridae مناسب نبودند.

Keywords

• بومی
• تغییرات آب و هوایی
• تهدید
• در معرض خطر انقراض
• ctab