Clostridium pacaense: a new species within the genus Clostridium

M. Hosny; R. Abou Abdallah; J. Bou Khalil; A. Fontanini; E. Baptiste; N. Armstrong; B. La Scola

New Microbes and New Infections (Mar 2019)

Clostridium pacaense: a new species within the genus Clostridium

M. Hosny,
R. Abou Abdallah,
J. Bou Khalil,
A. Fontanini,
E. Baptiste,
N. Armstrong,
B. La Scola

Affiliations

M. Hosny: Aix-Marseille Université UM63, Institut de Recherche pour le Développement IRD 198, Assistance Publique—Hôpitaux de Marseille (AP-HM), Microbes, Evolution, Phylogeny and Infection (MEΦI), Institut Hospitalo-Universitaire (IHU)-Méditerranée Infection, Marseille, France
R. Abou Abdallah: Aix-Marseille Université UM63, Institut de Recherche pour le Développement IRD 198, Assistance Publique—Hôpitaux de Marseille (AP-HM), Vecteurs—Infections Tropicales et Méditerrannéennes (VITROME), Service de Santé des Armées, IHU-Méditerranée Infection, Marseille, France
J. Bou Khalil: Aix-Marseille Université UM63, Institut de Recherche pour le Développement IRD 198, Assistance Publique—Hôpitaux de Marseille (AP-HM), Microbes, Evolution, Phylogeny and Infection (MEΦI), Institut Hospitalo-Universitaire (IHU)-Méditerranée Infection, Marseille, France
A. Fontanini: Aix-Marseille Université UM63, Institut de Recherche pour le Développement IRD 198, Assistance Publique—Hôpitaux de Marseille (AP-HM), Microbes, Evolution, Phylogeny and Infection (MEΦI), Institut Hospitalo-Universitaire (IHU)-Méditerranée Infection, Marseille, France
E. Baptiste: Aix-Marseille Université UM63, Institut de Recherche pour le Développement IRD 198, Assistance Publique—Hôpitaux de Marseille (AP-HM), Microbes, Evolution, Phylogeny and Infection (MEΦI), Institut Hospitalo-Universitaire (IHU)-Méditerranée Infection, Marseille, France
N. Armstrong: Aix-Marseille Université UM63, Institut de Recherche pour le Développement IRD 198, Assistance Publique—Hôpitaux de Marseille (AP-HM), Microbes, Evolution, Phylogeny and Infection (MEΦI), Institut Hospitalo-Universitaire (IHU)-Méditerranée Infection, Marseille, France
B. La Scola: Aix-Marseille Université UM63, Institut de Recherche pour le Développement IRD 198, Assistance Publique—Hôpitaux de Marseille (AP-HM), Microbes, Evolution, Phylogeny and Infection (MEΦI), Institut Hospitalo-Universitaire (IHU)-Méditerranée Infection, Marseille, France; Corresponding author: B. La Scola, Pôle des Maladies Infectieuses, Aix-Marseille Université, IRD, Assistance Publique—Hôpitaux de Marseille (AP-HM), Microbes, Evolution, Phylogeny and Infection (MEΦI), Institut Hospitalo-Universitaire (IHU)-Méditerranée Infection, 19-21 Boulevard Jean Moulin, 13385 Marseille Cedex 05, France.

Journal volume & issue: Vol. 28
pp. 6 – 10

Abstract

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Using the strategy of taxonogenomics, we described Clostridium pacaense sp. nov. strain Marseille-P3100T, a Gram-variable, nonmotile, spore-forming anaerobic bacillus. This strain was isolated from a 3.3-month-old Senegalese girl with clinical aspects of marasmus. The closest species based on 16S ribosomal RNA was Clostridium aldenense, with a similarity of 98.4%. The genome length was 2 672 129 bp, with a 50% GC content; 2360 proteins were predicted. Finally, predominant fatty acids were hexadecanoic acid, tetradecanoic acid and 9-hexadecenoic acid. Keywords: Clostridium pacaense, culturomics, taxonogenomics

Published in New Microbes and New Infections

ISSN: 2052-2975 (Online)
Publisher: Elsevier
Country of publisher: United Kingdom
LCC subjects: Medicine: Internal medicine: Infectious and parasitic diseases
Website: https://www.sciencedirect.com/journal/new-microbes-and-new-infections

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