Majallah-i Dānishkadah-i Pizishkī-i Dānishgāh-i ̒ Ulūm-i Pizishkī-i Mashhad. (May 2022)
تجزیه و تحلیل مدل سازی همگرا از برهم‌کنش زیر مجموعه های α و β توکسین شیگا با پروتئین‌های اینترفرون گاما، پروستاگلاندین سنتتاز 2 و سدیم/گلوکز کوترانسپورتر به عنوان گامی در مهار سرطان
Abstract
زمینه و هدف: با پیشرفت فناوری بیوانفورماتیک، اکنون می‌توان با سرعت بیشتری بر روی روش‌های نوین درمان سرطان مانند استفاده از توکسین‌های باکتریایی تحقیق کرد. در این مطالعه بیوانفورماتیکی، امکان اتصال زیرواحدهای توکسین شیگا (StxA و StxB) به پروتئین‌های اینترفرون گاما (IFNG)، پروستاگلاندین سنتتاز 2 (PTGS2) و سدیم/گلوکز کوترانسپورتر (SGLT1) بررسی شد تا بتوان گامی در جهت مهار سرطان برداشت.روش بررسی: توالی‌های ژنی از پایگاه NCBI استخراج شد. برای توالی‌یابی و مدل سازی ساختار سه بعدی پروتئین‌ها به ترتیب از پایگاه های اطلاعاتی SWISS-MODE و jmol استفاده شد. اثر StxA و StxB بر پروتئین‌های IFNG، PTGS2 و SGLT1 با پایگاه ZDOCK با روش پهلوگیری مولکولی مورد ارزیابی قرار گرفت.یافته‌ها: ساختار سه بعدی پروتئین‌ها نشان داد که پروتئین StxA مونومر نمی‌باشد و StxB دارای ساختارهای صفحه‌ای است که موجب اتصال آن به سطح سلول می-شوند. مارپیچ‌های آلفا و صفحات بتا در IFNG وجود دارد و این پروتئین مونومری فاقد ساختار سوم متقارن است. PTGS2 دارای ساختار کمپلکس و بزرگ متشکل از چندین مارپیچ آلفا و صفحه بتا است. در SGLT1 که پروتئینی غشاء گذر است، تنها مارپیچ‌های آلفا وجود داشت. میان‌کنش قابل توجهی بین پروتئین شیگا توکسین با هر سه پروتئین IFNG، PTGS2 و SGLT1 وجود دارد.نتیجه‌گیری: یافته‌های این تحقیق افق جدیدی جهت مطالعات آزمایشگاهی اثر شیگا توکسین جهت بررسی توانایی تحریک سیستم ایمنی، کاهش رشد تومور و درمان سرطان با توجه به امکان اتصال آن به پروتئین‌های مؤثر در این روندها ارائه می‌دهد.
Keywords
