Nature Communications (Sep 2022)
Quantitative fragmentomics allow affinity mapping of interactomes
- Gergo Gogl,
- Boglarka Zambo,
- Camille Kostmann,
- Alexandra Cousido-Siah,
- Bastien Morlet,
- Fabien Durbesson,
- Luc Negroni,
- Pascal Eberling,
- Pau Jané,
- Yves Nominé,
- Andras Zeke,
- Søren Østergaard,
- Élodie Monsellier,
- Renaud Vincentelli,
- Gilles Travé
Affiliations
- Gergo Gogl
- Équipe Labellisée Ligue 2015, Département de Biologie Structurale Intégrative, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), INSERM U1258/CNRS UMR 7104/Université de Strasbourg
- Boglarka Zambo
- Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), INSERM U1258/CNRS UMR 7104/Universite de Strasbourg
- Camille Kostmann
- Équipe Labellisée Ligue 2015, Département de Biologie Structurale Intégrative, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), INSERM U1258/CNRS UMR 7104/Université de Strasbourg
- Alexandra Cousido-Siah
- Équipe Labellisée Ligue 2015, Département de Biologie Structurale Intégrative, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), INSERM U1258/CNRS UMR 7104/Université de Strasbourg
- Bastien Morlet
- Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), INSERM U1258/CNRS UMR 7104/Universite de Strasbourg
- Fabien Durbesson
- Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques (AFMB), UMR 7257 CNRS-Aix-Marseille Université
- Luc Negroni
- Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), INSERM U1258/CNRS UMR 7104/Universite de Strasbourg
- Pascal Eberling
- Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), INSERM U1258/CNRS UMR 7104/Universite de Strasbourg
- Pau Jané
- Équipe Labellisée Ligue 2015, Département de Biologie Structurale Intégrative, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), INSERM U1258/CNRS UMR 7104/Université de Strasbourg
- Yves Nominé
- Équipe Labellisée Ligue 2015, Département de Biologie Structurale Intégrative, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), INSERM U1258/CNRS UMR 7104/Université de Strasbourg
- Andras Zeke
- Bioinformatics Research Group, Research Centre for Natural Sciences
- Søren Østergaard
- Novo Nordisk A/S, Global Research Technologies, Novo Nordisk Research Park
- Élodie Monsellier
- Équipe Labellisée Ligue 2015, Département de Biologie Structurale Intégrative, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), INSERM U1258/CNRS UMR 7104/Université de Strasbourg
- Renaud Vincentelli
- Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques (AFMB), UMR 7257 CNRS-Aix-Marseille Université
- Gilles Travé
- Équipe Labellisée Ligue 2015, Département de Biologie Structurale Intégrative, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), INSERM U1258/CNRS UMR 7104/Université de Strasbourg
- DOI
- https://doi.org/10.1038/s41467-022-33018-0
- Journal volume & issue
-
Vol. 13,
no. 1
pp. 1 – 18
Abstract
Protein networks have been widely explored but most binding affinities remain unknown, limiting the quantitative interpretation of interactomes. Here the authors measure affinities of 65,000 interactions involving human PDZ domains and target sequence motifs relevant for viral infection and cancer.
