Molecular Identification of DNA Satellite Associated with Mungbean yellow mosaic India virus infecting Yardlong Bean in Yogyakarta

Abstract

Gejala mosaik kuning dan keriting daun ditemukan pada pertanaman kacang panjang di Sleman, Yogyakarta. Begomovirus diketahui sebagai salah satu penyebab penyakit tersebut. Penelitian dilakukan untuk mengidentifikasi spesies Begomovirus dan DNA satelit yang berasosiasi dengan penyakit mosaik kuning kacang panjang. Ekstraksi DNA total dari tanaman bergejala dilanjutkan dengan amplifikasi fragmen DNA spesifik Begomovirus dan Betasatelit. Amplikon DNA berukuran ±1500 pb dan ±1300 pb berhasil diperoleh menggunakan berturut-turut primer universal Begomovirus dan primer spesifik Betasatelit. Analisis sekuen nukleotida mengonfirmasi identitas Begomovirus yang menginfeksi tanaman kacang panjang ialah Mungbean yellow mosaic India virus (MYMIV) dengan homologi 99% terhadap isolat MYMIV asal Indonesia. DNA satelit yang berasosiasi dengan MYMIV menunjukkan karakteristik Betasatelit, yaitu memiliki satellite common region (SCR) dengan struktur stem-loop dan sekuen TAATATTAC pada bagian loop, adenine rich region sebesar 54.96%, dan ORF (open reading frame) non-coding. Lebih lanjut, analisis rekombinasi menggunakan SimPlot mengindikasikan bahwa satelit non-coding MYMIV merupakan satelit rekombinan antara Betasatelit dan DNA-B Pepper yellow leaf curl Indonesia virus (PepYLCIV). Artikel ini merupakan laporan pertama asosiasi betasatelit DNA non-coding dengan MYMIV di Indonesia.

Keywords

• Begomovirus
• identifikasi
• rekombinasi
• satelit non-coding
• stem-loop