Identificación in silico de regiones repetidas en tándem en el genoma de Ureaplasma diversum: Implicancias en el desarrollo de un esquema MLVA para la tipificación del agente

Abstract

Ureaplasma diversum es un microorganismo patógeno que ha sido detectado en bovinos y en cerdos. Diferentes tipologías genéticas del agente han sido identificadas con anterioridad mediante técnicas pocos reproducibles o que conducen a resultados poco concluyentes. El objetivo del presente trabajo fue identificar in silico regiones repetidas en tándem (TR) en el genoma de U. diversum. Se analizó el genoma de la cepa U. diversum ATCC 49782, identificando las TR. Una vez identificadas las TR se diseñaron cebadores específicos, se realizó una PCR in silico y los productos fueron alineados contra la base de datos BLAST para determinar la especificidad de los mismos. De las 51 TR especie-específicas identificadas, el 54,9% (28) codificarían para proteínas hipotéticas, las restantes estarían ubicadas en regiones intergénicas. El tamaño de las TR identificadas varió entre 2 y 102 pares de bases, repetidas entre 1,9 y 21,5 veces, lo que permitiría discriminarlas por electroforesis o secuenciación. La identificación de un amplio repertorio de TR es el primer paso para la genotipificación del agente mediante un Análisis de Múltiples Locus de Regiones Repetidas en Tándem (MLVA), que constituiría un método más rápido, práctico y reproducible que otros métodos de tipificación previamente informados.