شناسایی چند شکلی در ناحیه تنظیمی بالادست ژن های کالپاین و کالپاستاتین و ارتباط آن با برخی صفات اقتصادی در گوسفندان لری بختیاری

Abstract

سابقه و هدف: هدف از پژوهش حاضر بررسی تنوع آللی در ناحیه تنظیمی بالا دست ژن‌های کالپاین و کالپاستاتین، تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک ژن‌های مورد نظر و ارتباط آماری واریانت‌های آللی با صفات وزن‌ بدن و دنبه در گوسفند لری بختیاری بوده است. مواد و روش ها: تعداد 150 نمونه خون به طور تصادفی تهیه و DNA با روش نمکی بهینه یافته استخراج شد. سپس جفت آغازگرهای اختصاصی با نرم افزارOligo7 به ترتیب برای تکثیر قطعاتی با اندازه‌های 245 و 225 جفت بازی از ناحیه بالا دست ژن‌های کالپاستاتین و کالپاین طراحی شدند. پس از انجام PCR فرآورده های تکثیری حاصل از جایگاه های نشانگری کالپاستاتین و کالپاین به ترتیب در معرض هضم با آنزیم‌های اندونوکلئاز PstI و HaeIII قرار گرفتند. به دلیل یک شکل بودن نتایج حاصل RFLP، برای ارزیابی دقیق تر توالی‌های تکثیر شده از تکنیک SSCP استفاده شد. بعد از تعیین ژنوتیپ، از هر الگوی باندی ژن کالپاین یک نمونه مورد توالی یابی قرار گرفت. برای شناسایی موتیف‌های درگیر در فرآیند تنظیم ژنی و همچنین جهش های موجود در الگوهای باندی مختلف، توالی‌های به دست آمده با استفاده از نرم افزارهای DNASIS MAX و BioEdit مورد بررسی قرار گرفتند. ارتباط الگوهای باندی مشاهده شده در جایگاه کالپاین با صفات وزن‌ بدن در تولد، 3، 6 و 12 ماهگی و صفات دنبه شامل وزن، محیط بالا و پایین و ارتفاع دنبه در گوسفند لری بختیاری با استفاده از رویه Glimmix نرم‏افزار SAS (نسخه 1/9) مورد بررسی قرار گرفت. یافته ها: سه الگوی باندی مختلف A، B و C در جایگاه کالپاین در نمونه های لری بختیاری به ترتیب با فراوانی های 66، 9 و 25 در صد مشاهده شدند. ناحیه بالادست جایگاه ژنی کالپاستاتین در پژوهش حاضر یک شکل بود. تجزیه و تحلیل آماری وجود ارتباط آماری معنی داری را بین الگوهای باندی در جایگاه نشانگر کالپاین و صفت وزن تولد در گوسفندان لری بختیاری نشان داد (P

Keywords

• ژن کالپاستاتین
• ژن کالپاین
• گوسفند لری بختیاری
• ناحیه تنظیمی بالادست
• بیوانفورماتیک