Microorganisms (Aug 2024)
Retrospective Analysis of Omicron in Minas Gerais, Brazil: Emergence, Dissemination, and Diversification
- Paula Luize Camargos Fonseca,
- Isabela Braga-Paz,
- Luiza Campos Guerra de Araújo e Santos,
- Rillery Calixto Dias,
- Carolina Senra Alves de Souza,
- Nara Oliveira Carvalho,
- Daniel Costa Queiroz,
- Hugo José Alves,
- João Locke Ferreira de Araújo,
- Filipe Romero Rebello Moreira,
- Mariane Talon Menezes,
- Diego Menezes,
- Aryel Beatriz Paz e Silva,
- Jorge Gomes Goulart Ferreira,
- Talita Emile Ribeiro Adelino,
- André Felipe Leal Bernardes,
- Natália Virtude Carobin,
- Renée Silva Carvalho,
- Carolina Zaniboni Ferrari,
- Natália Rocha Guimarães,
- Ludmila Oliveira Lamounier,
- Fernanda Gil Souza,
- Luisa Aimeé Vargas,
- Marisa de Oliveira Ribeiro,
- Monica Barcellos Arruda,
- Patricia Alvarez,
- Rennan Garcias Moreira,
- Eneida Santos de Oliveira,
- Adriano de Paula Sabino,
- Jaqueline Silva de Oliveira,
- José Nélio Januário,
- Felipe Campos de Melo Iani,
- Renan Pedra de Souza,
- Renato Santana Aguiar
Affiliations
- Paula Luize Camargos Fonseca
- Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
- Isabela Braga-Paz
- Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
- Luiza Campos Guerra de Araújo e Santos
- Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
- Rillery Calixto Dias
- Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
- Carolina Senra Alves de Souza
- Subsecretaria de Vigilância em Saúde, Secretaria de Estado de Saúde de Minas Gerais, Belo Horizonte 31585-200, Brazil
- Nara Oliveira Carvalho
- Núcleo de Ações e Pesquisa em Apoio Diagnóstico-Nupad, Faculdade de Medicina, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 30130-100, Brazil
- Daniel Costa Queiroz
- Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
- Hugo José Alves
- Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
- João Locke Ferreira de Araújo
- Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
- Filipe Romero Rebello Moreira
- Departamento de Genetica, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 21941-902, Brazil
- Mariane Talon Menezes
- Departamento de Genetica, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 21941-902, Brazil
- Diego Menezes
- Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
- Aryel Beatriz Paz e Silva
- Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
- Jorge Gomes Goulart Ferreira
- Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
- Talita Emile Ribeiro Adelino
- Fundacao Ezequiel Dias (FUNED), Belo Horizonte 30510-010, Brazil
- André Felipe Leal Bernardes
- Fundacao Ezequiel Dias (FUNED), Belo Horizonte 30510-010, Brazil
- Natália Virtude Carobin
- Laboratório Institucional de Pesquisa em Biomarcadores, Laboratório de Hematologia Clínica, Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas; Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
- Renée Silva Carvalho
- Subsecretaria de Vigilância em Saúde, Secretaria de Estado de Saúde de Minas Gerais, Belo Horizonte 31585-200, Brazil
- Carolina Zaniboni Ferrari
- Subsecretaria de Vigilância em Saúde, Secretaria de Estado de Saúde de Minas Gerais, Belo Horizonte 31585-200, Brazil
- Natália Rocha Guimarães
- Fundacao Ezequiel Dias (FUNED), Belo Horizonte 30510-010, Brazil
- Ludmila Oliveira Lamounier
- Fundacao Ezequiel Dias (FUNED), Belo Horizonte 30510-010, Brazil
- Fernanda Gil Souza
- Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
- Luisa Aimeé Vargas
- Subsecretaria de Vigilância em Saúde, Secretaria de Estado de Saúde de Minas Gerais, Belo Horizonte 31585-200, Brazil
- Marisa de Oliveira Ribeiro
- Institute of Technology in Immunobiology Bio-Manguinhos, Oswaldo Cruz Foundation/Fiocruz, Rio de Janeiro 21040-900, Brazil
- Monica Barcellos Arruda
- Institute of Technology in Immunobiology Bio-Manguinhos, Oswaldo Cruz Foundation/Fiocruz, Rio de Janeiro 21040-900, Brazil
- Patricia Alvarez
- Institute of Technology in Immunobiology Bio-Manguinhos, Oswaldo Cruz Foundation/Fiocruz, Rio de Janeiro 21040-900, Brazil
- Rennan Garcias Moreira
- Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
- Eneida Santos de Oliveira
- Secretaria Municipal de Saúde de Belo Horizonte, Belo Horizonte 30130-012, Brazil
- Adriano de Paula Sabino
- Laboratório Institucional de Pesquisa em Biomarcadores, Laboratório de Hematologia Clínica, Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas; Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
- Jaqueline Silva de Oliveira
- Subsecretaria de Vigilância em Saúde, Secretaria de Estado de Saúde de Minas Gerais, Belo Horizonte 31585-200, Brazil
- José Nélio Januário
- Núcleo de Ações e Pesquisa em Apoio Diagnóstico-Nupad, Faculdade de Medicina, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 30130-100, Brazil
- Felipe Campos de Melo Iani
- Fundacao Ezequiel Dias (FUNED), Belo Horizonte 30510-010, Brazil
- Renan Pedra de Souza
- Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
- Renato Santana Aguiar
- Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
- DOI
- https://doi.org/10.3390/microorganisms12091745
- Journal volume & issue
-
Vol. 12,
no. 9
p. 1745
Abstract
Brazil is one of the countries most affected by COVID-19, with the highest number of deaths recorded. Brazilian Health Institutions have reported four main peaks of positive COVID-19 cases. The last two waves were characterized by the emergence of the VOC Omicron and its sublineages. This study aimed to conduct a retrospective surveillance study illustrating the emergence, dissemination, and diversification of the VOC Omicron in 15 regional health units (RHUs) in MG, the second most populous state in Brazil, by combining epidemiological and genomic data. A total of 5643 confirmed positive COVID-19 samples were genotyped using the panels TaqMan SARS-CoV-2 Mutation and 4Plex SC2/VOC Bio-Manguinhos to define mutations classifying the BA.1, BA.2, BA.4, and BA.5 sublineages. While sublineages BA.1 and BA.2 were more prevalent during the third wave, BA.4 and BA.5 dominated the fourth wave in the state. Epidemiological and viral genome data suggest that age and vaccination with booster doses were the main factors related to clinical outcomes, reducing the number of deaths, irrespective of the Omicron sublineages. Complete genome sequencing of 253 positive samples confirmed the circulation of the BA.1, BA.2, BA.4, and BA.5 subvariants, and phylogenomic analysis demonstrated that the VOC Omicron was introduced through multiple international events, followed by transmission within the state of MG. In addition to the four subvariants, other lineages have been identified at low frequency, including BQ.1.1 and XAG. This integrative study reinforces that the evolution of Omicron sublineages was the most significant factor driving the highest peaks of positive COVID-19 cases without an increase in more severe cases, prevented by vaccination boosters.
Keywords
