Evaluación de la relación entre el umbral de ciclo (Ct) de la RTqPCR y la clínica de COVID-19 en pacientes ambulatorios

Abstract

El diagnostico gold estándar (GSDP) para COVID-19 es amplificación del ARN viral mediante retrotranscripción y reacción en cadena de polimerasa en tiempo real (RT-qPCR), utilizando una muestra de hisopado nasofaríngeo (NPS), procesada con una extracción de ARN tradicional. Respecto a la muestra, se han utilizado algunas sustituciones en el proceso diagnóstico, como muestras de saliva y secreción nasofaríngea con auto toma sin necesidad de utilizar hisopo con el objetivo para disminuir el tiempo, el costo de estas pruebas y principalmente reducir el riesgo biológico del personal sanitario. El dato utilizado de la RT-qPCR para su positividad o negatividad es el valor del ciclo umbral (Ct), pudiendo este dato aportar según algunos estudios una importante herramienta como valor pronostico en el contexto clínico epidemiológico del paciente, incidiendo en la toma de decisiones terapéuticas del personal sanitario, con un posible impacto positivo en la evolución clínica de los pacientes, sin embargo varios de los estudios publicados demuestran baja o en algunos casos ninguna relación significativa entre el valor del Ct y la evolución clínica del paciente. OBJETIVO: Evaluar la relación entre el umbral de ciclo (Ct) de la RTqPCR y la clínica de COVID-19 en pacientes ambulatorios. METODOLOGIA: Se procesaron 479 muestras de pacientes que cumplieron con los criterios de inclusión, la amplificación se realizó por dos protocolos ya estandarizados de RT-qPCR de los genes E y RdRp de SARS CoV2, 4 muestras positivas se secuenciaron por NGS para confirmación diagnóstica. Se evaluaron los factores relacionados (signos y síntomas) con la carga viral SARS-CoV-2. Se determinó la carga viral, con base en la reacción de RT-qPCR y el valor umbral (CT). Se estratifico dos grupos; carga viral alta (Ct30). Los datos se registraron en una planilla de excel, posteriormente fueron analizados con el software estadístico R 4.4.1. de Project for Statistical Computing. Se consideró significativos valores de p≤0,05, se midió la fuerza de la asociación con el Odds Ratio y sus intervalos de confianza (IC 95 %). RESULTADOS: De 479 muestras procesadas, 87 muestras fueron positivas, las variables mayor gravedad(N:3) y letalidad(N:1) agruparon en el Ct30. El resto (N:84) sin mortalidad o gravedad se agruparon de forma similar en ambos grupos Ct30, en todos los casos con una débil o ninguna relación significancia respecto al umbral Ct (p ≥ 0.05). De igual forma no se observó un impacto significativo de la vacuna en el valor de Ct. CONCLUSIÓN: La utilidad del Ct como predictor de gravedad de COVID-19 y para otras infecciones virales respiratorias debería ser sometida a estudios más rigurosos, mientras tanto dada la información disponible y los resultados del presente estudio se confirman que la utilidad del umbral Ct en el pronóstico clínico de los pacientes COVID-19 se acompaña de ciertas limitaciones. En cualquier caso, si se utiliza el valor Ct como factor pronóstico de pacientes COVID-19, debe hacerse con precaución y conscientes de las limitaciones.

Keywords

• Diagnóstico
• muestra
• pruebas