Hepatocellular carcinoma in Peru: A molecular description of an unconventional clinical presentation

Abstract

Introduction and aim: Hepatocellular carcinoma (HCC) is the third most frequent cancer of digestive tract tumors in Peru, with a high mortality rate of 17.7 per 100,000 inhabitants. A significant number of HCC cases in Peru do not follow the classic clinical epidemiology of the disease described in other parts of the world. Those patients present with a distinct transcriptome profile and a singular tumor process, suggesting a particular type of hepatocarcinogenesis in a portion of the Peruvian population. Our aim was to understand the clinical and biologic involvement of the epigenetic profile (methylation) and gene expression (transcriptome) of HCC in Peruvian patients. Methods: HCC and liver transcriptome and DNA methylation profiles were evaluated in 74 Peruvian patients. Results: When grouped by age, there was greater DNA methylation in younger patients with HCC but no differences with respect to the transcriptomic profile. A high prevalence of the hepatitis B virus (HBV) (>90%) was also observed in the younger patients with HCC. Enrichment analyses in both molecular profiles pinpointed PRC2 as an important molecular effector of that liver tumor process in Peruvian patients. Conclusion: HCC in Peruvian patients has a unique molecular profile, associated with the presence of HBV, as well as overall DNA hypermethylation related to undifferentiated liver cells or cellular reprogramming. Resumen: Introducción: En Perú, el carcinoma hepatocelular (CHC) ocupa el tercer lugar en incidencia entre los tumores del sistema digestivo, y tiene una alta tasa de mortalidad, 17.7 por 100 000 habitantes. La mayoría de los casos reportados no presentan la epidemiología clínica clásica del CHC observado en otras partes del mundo. Además, se ha identificado que estos pacientes presentan un perfil transcriptómico distinto y un proceso tumoral singular, sugiriendo un proceso particular de hepatocarcinogénesis en una fracción de la población peruana. Objetivo: El presente estudio busca comprender la implicancia clínica y biológica del perfil epigenético (metilación) y de expresión de los genes (transcriptómico) del CHC en los pacientes peruanos. Métodos: Se evaluó el perfil de transcriptómico y de metilación de ADN de hígado y CHC en 74 pacientes peruanos. Resultados: El agrupamiento por edades mostró una mayor metilación del ADN en los pacientes jóvenes con CHC, en contraste no se observaron diferencias en el perfil transcriptómico. Adicionalmente, también se evidenció una alta prevalencia del virus de la hepatitis B (VHB) (>90%) en los pacientes jóvenes con CHC. El análisis de enriquecimiento en ambos perfiles moleculares demostró que PRC2 es posiblemente uno de los principales actores moleculares en este proceso tumoral hepático en pacientes peruanos. Conclusión: El CHC peruano presenta un perfil molecular único, asociado a la presencia del VHB, y con una hipermetilación global del ADN asociado a células hepáticas indiferenciadas o a una reprogramación celular.

Keywords

• Carcinoma hepatocelular
• Transcriptoma
• Metilación del ADN
• Perú