Virus Research (Nov 2022)
Genomic and epidemiologic surveillance of SARS-CoV-2 in Southern Brazil and identification of a new Omicron-L452R sublineage
- Mariana Soares da Silva,
- Juliana Schons Gularte,
- Micheli Filippi,
- Meriane Demoliner,
- Viviane Girardi,
- Ana Cristina Sbaraini Mosena,
- Vyctoria Malayhka de Abreu Góes Pereira,
- Alana Witt Hansen,
- Matheus Nunes Weber,
- Paula Rodrigues de Almeida,
- Juliane Deise Fleck,
- Andrea Gurgel Batista Leite Dal Bó,
- Marcus Herbert Jones,
- Frederico Friedrich,
- Luiz Amorim Filho,
- Fábio Klamt,
- Fernando Rosado Spilki
Affiliations
- Mariana Soares da Silva
- Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Rodovia ERS-239, N° 2755, Prédio Vermelho, Piso 1, sala 103, Vila Nova, Novo Hamburgo, RS CEP 93525-075, Brazil; Corresponding author.
- Juliana Schons Gularte
- Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Rodovia ERS-239, N° 2755, Prédio Vermelho, Piso 1, sala 103, Vila Nova, Novo Hamburgo, RS CEP 93525-075, Brazil
- Micheli Filippi
- Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Rodovia ERS-239, N° 2755, Prédio Vermelho, Piso 1, sala 103, Vila Nova, Novo Hamburgo, RS CEP 93525-075, Brazil
- Meriane Demoliner
- Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Rodovia ERS-239, N° 2755, Prédio Vermelho, Piso 1, sala 103, Vila Nova, Novo Hamburgo, RS CEP 93525-075, Brazil
- Viviane Girardi
- Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Rodovia ERS-239, N° 2755, Prédio Vermelho, Piso 1, sala 103, Vila Nova, Novo Hamburgo, RS CEP 93525-075, Brazil
- Ana Cristina Sbaraini Mosena
- Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Rodovia ERS-239, N° 2755, Prédio Vermelho, Piso 1, sala 103, Vila Nova, Novo Hamburgo, RS CEP 93525-075, Brazil
- Vyctoria Malayhka de Abreu Góes Pereira
- Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Rodovia ERS-239, N° 2755, Prédio Vermelho, Piso 1, sala 103, Vila Nova, Novo Hamburgo, RS CEP 93525-075, Brazil
- Alana Witt Hansen
- Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Rodovia ERS-239, N° 2755, Prédio Vermelho, Piso 1, sala 103, Vila Nova, Novo Hamburgo, RS CEP 93525-075, Brazil
- Matheus Nunes Weber
- Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Rodovia ERS-239, N° 2755, Prédio Vermelho, Piso 1, sala 103, Vila Nova, Novo Hamburgo, RS CEP 93525-075, Brazil
- Paula Rodrigues de Almeida
- Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Rodovia ERS-239, N° 2755, Prédio Vermelho, Piso 1, sala 103, Vila Nova, Novo Hamburgo, RS CEP 93525-075, Brazil
- Juliane Deise Fleck
- Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Rodovia ERS-239, N° 2755, Prédio Vermelho, Piso 1, sala 103, Vila Nova, Novo Hamburgo, RS CEP 93525-075, Brazil
- Andrea Gurgel Batista Leite Dal Bó
- Serviço de Controle de Infecção Hospitalar do Virvi Ramos, Caxias do Sul, RS, Brazil; IMMUNESHARE – MCTI Trial, Brazil; Programa de Pós-Graduação em Saúde Coletiva, Universidade do Vale dos Sinos (UNISINOS), São Leopoldo, RS, Brazil
- Marcus Herbert Jones
- IMMUNESHARE – MCTI Trial, Brazil; Pesquisador do Hospital Moinhos de Vento, Porto Alegre, RS, Brazil
- Frederico Friedrich
- IMMUNESHARE – MCTI Trial, Brazil; Programa de Pós-Graduação em Medicina Pediátrica e Saúde da Criança, Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS), Porto Alegre, RS, Brazil; Pesquisador do Hospital Moinhos de Vento, Porto Alegre, RS, Brazil
- Luiz Amorim Filho
- IMMUNESHARE – MCTI Trial, Brazil; Instituto Estadual de Hematologia Arthur de Siqueira Cavalcanti (HEMORIO), Rio de Janeiro, RJ, Brazil
- Fábio Klamt
- IMMUNESHARE – MCTI Trial, Brazil; Laboratório de Bioquímica Celular, Departamento de Bioquímica, ICBS/UFRGS, Porto Alegre, RS, Brazil
- Fernando Rosado Spilki
- Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Rodovia ERS-239, N° 2755, Prédio Vermelho, Piso 1, sala 103, Vila Nova, Novo Hamburgo, RS CEP 93525-075, Brazil
- Journal volume & issue
-
Vol. 321
p. 198907
Abstract
Recently, SARS-CoV-2 Omicron variant (B.1.1.529) was first identified in Botswana in November 2021. In a short period of time, this highly mutated variant replaced the previous dominant Delta variant, causing an exponential increase in the number of COVID-19 cases, resulting in a new wave of pandemic. This current research article aims to analyze and summarize information about the genetic characteristics, amino acid mutations and epidemiological data providing scientific findings to enrich the SARS-CoV-2 knowledge. More importantly, we describe here, for the first time, the identification of a new Omicron variant of concern: Omicron-L452R in Brazil.
