بررسی و مقایسه اثر پرایمر در ارزیابی ساختار جوامع باکتریایی خاک مناطق نیمه خشک با روش Illumina Miseq

Abstract

مقدمه: هدف از این مطالعه بررسی تاثیر نوع پرایمر در ارزیابی ساختار جمعیت میکروبی در خاک یک اکوسیستم نیمه خشک بوده است. مواد و روشها: ِDNA نمونه­های خاک پس از استخراج و انجام PCR با دو جفت پرایمر مربوط به نواحی V1-V3 و V4-V5 توالی­یابی و داده­ها با نرم افزار QIME آنالیز شدند. نتایج: آنالیزNext Generation Sequencing نشان داد پرایمر V4-V5 توانست 97/9 درصد از باکتری­ها را شناسایی کند در حالیکه 90/4 درصد از باکتری­ها با جفت پرایمر V1-V3 شناسایی شدند. جفت پرایمر V1-V3 توانست درصد بیشتری از Proteobacteria (37/8درصد) را شناسایی کند در صورتی­که جفت پرایمر V4-V5 در شناسایی Actinobacteria (33/6 درصد) بهتر عمل کرده است. بعلاوه جفت پرایمر V4-V5 در سطوح تاکسونومیکی راسته، خانواده و جنس تعداد بیشتری را در نمونه­های خاک مطالعه شده در مقایسه با جفت پرایمر V1-V3 شناسایی کرد. بحث: با وجود عملکرد بهتر پرایمر V4-V5 و با توجه به اینکه برخی از اجزای سطوح مختلف تاکسونومیکی با یکی از جفت پرایمرهای استفاده شده شناسایی شدند به نظر می­رسد به منظور ارزیابی دقیق­تر جمعیت­های میکروبی بهتر است از حداقل دو سری پرایمر استفاده شود.

Keywords

• تاکسونومی
• تنوع زیستی
• توالی‌یابی نسل دوم
• جامعه میکروبی
• میکروبیولوژی خاک