Revista da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical (Mar 2004)
Optimization of randomly amplified polymorphic DNA-polymerase chain reaction for molecular typing of Salmonella enterica serovar Typhi Otimização da reação de amplificação aleatória do DNA polimórfico - reação em cadeia da polimerase para tipagem molecular de Salmonella enterica sorovar Typhi
Abstract
Optimization of the RAPD reaction for characterizing Salmonella enterica serovar Typhi strains was studied in order to ensure the reproducibility and the discriminatory power of this technique. Eight Salmonella serovar Typhi strains isolated from various regions in Brazil were examined for the fragment patterns produced using different concentrations of DNA template, primer, MgCl2 and Taq DNA polymerase. Using two different low stringency thermal cycle profiles, the RAPD fingerprints obtained were compared. A set of sixteen primers was evaluated for their ability to produce a high number of distinct fragments. We found that variations associated to all of the tested parameters modified the fingerprinting patterns. For the strains of Salmonella enterica serovar Typhi used in this experiment, we have defined a set of conditions for RAPD-PCR reaction, which result in a simple, fast and reproducible typing method.A otimização da reação de RAPD para a caracterização de cepas de Salmonella enterica sorovar Typhi foi estudada com o objetivo de assegurar a reprodutibilidade e o poder discriminatório desta técnica. Oito cepas de Salmonella sorovar Typhi isoladas de algumas regiões do Brasil foram usadas para examinar os padrões de fragmentação produzidos quando foram empregadas concentrações diferentes do DNA molde, do iniciador, do MgCl2 e da enzima Taq DNA polimerase. Com a utilização de dois diferentes perfis de ciclos termais de baixa estringência, foram comparados os padrões de bandeamento obtidos. Um conjunto de dezesseis iniciadores foi avaliado quanto à capacidade de produzir elevado número de fragmentos distintos. Observou-se que variações associadas a todos os parâmetros testados modificaram os padrões de bandeamento. Para as amostras de Salmonella enterica sorovar Typhi utilizadas neste experimento, definiu-se um conjunto de condições para a reação de RAPD-PCR que resultou num método de tipagem simples, rápido e reprodutível.
Keywords
