Omicron Sub-Lineages (BA.1.1.529 + BA.*) Current Status in Ecuador
Andrés Carrazco-Montalvo,
Andrés Herrera-Yela,
Damaris Alarcón-Vallejo,
Diana Gutiérrez-Pallo,
Isaac Armendáriz-Castillo,
Derly Andrade-Molina,
Karen Muñoz-Mawyin,
Juan Carlos Fernández-Cadena,
Gabriel Morey-León,
USFQ-COVID-19 Consortium,
CRN Influenza y OVR—INSPI,
Leandro Patiño
Affiliations
Andrés Carrazco-Montalvo
Instituto Nacional de Investigación en Salud Pública “Leopoldo Izquieta Pérez”, Centro de Referencia Nacional de Genómica, Secuenciación y Bioinformática, Quito 170136, Ecuador
Andrés Herrera-Yela
Instituto Nacional de Investigación en Salud Pública “Leopoldo Izquieta Pérez”, Centro de Referencia Nacional de Genómica, Secuenciación y Bioinformática, Quito 170136, Ecuador
Damaris Alarcón-Vallejo
Instituto Nacional de Investigación en Salud Pública “Leopoldo Izquieta Pérez”, Centro de Referencia Nacional de Genómica, Secuenciación y Bioinformática, Quito 170136, Ecuador
Diana Gutiérrez-Pallo
Instituto Nacional de Investigación en Salud Pública “Leopoldo Izquieta Pérez”, Centro de Referencia Nacional de Genómica, Secuenciación y Bioinformática, Quito 170136, Ecuador
Isaac Armendáriz-Castillo
Instituto Nacional de Investigación en Salud Pública “Leopoldo Izquieta Pérez”, Coordinación Zonal 9, Quito 170136, Ecuador
Derly Andrade-Molina
Omics Sciences Laboratory, Faculty of Medical Sciences, Universidad Espíritu Santo, Samborondón 092301, Ecuador
Karen Muñoz-Mawyin
Omics Sciences Laboratory, Faculty of Medical Sciences, Universidad Espíritu Santo, Samborondón 092301, Ecuador
Juan Carlos Fernández-Cadena
INTERLAB, Guayaquil 090512, Ecuador
Gabriel Morey-León
Facultad de Ciencias Medicas, Universidad de Guayaquil, Guayaquil 090514, Ecuador
USFQ-COVID-19 Consortium
CRN Influenza y OVR—INSPI
Leandro Patiño
Instituto Nacional de Investigación en Salud Pública “Leopoldo Izquieta Pérez”—Dirección Técnica de Investigación, Desarrollo e Innovación, Guayaquil 170403, Ecuador
The Omicron variant of SARS-CoV-2 is the latest pandemic lineage causing COVID-19. Despite having a vaccination rate ≥85%, Ecuador recorded a high incidence of Omicron from December 2021 to March 2022. Since Omicron emerged, it has evolved into multiple sub-lineages with distinct prevalence in different regions. In this work, we use all Omicron sequences from Ecuador available at GISAID until March 2022 and the software Nextclade and Pangolin to identify which lineages circulate in this country. We detected 12 different sub-lineages (BA.1, BA.1.1, BA.1.1.1, BA.1.1.14, BA.1.1.2, BA.1.14, BA.1.15, BA.1.16, BA.1.17, BA.1.6, BA.2, BA.2.3), which have been reported in Africa, America, Europe, and Asia, suggesting multiple introduction events. Sub-lineages BA.1 and BA.1.1 were the most prevalent. Genomic surveillance must continue to evaluate the dynamics of current sub-lineages, the early introduction of new ones and vaccine efficacy against evolving SARS-CoV-2.
