Physical Mapping of the <i>Anopheles</i> (<i>Nyssorhynchus</i>) <i>darlingi</i> Genomic Scaffolds
Míriam Silva Rafael,
Leticia Cegatti Bridi,
Igor V. Sharakhov,
Osvaldo Marinotti,
Maria V. Sharakhova,
Vladimir Timoshevskiy,
Giselle Moura Guimarães-Marques,
Valéria Silva Santos,
Carlos Gustavo Nunes da Silva,
Spartaco Astolfi-Filho,
Wanderli Pedro Tadei
Affiliations
Míriam Silva Rafael
Coordenação de Sociedade Ambiente e Saúde, Laboratório de Vetores de Malária e Dengue, Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia, Av. André Araújo, 2936, Manaus, AM 69060-001, Brazil
Leticia Cegatti Bridi
Programa de Pós-Graduação em Genética, Conservação e Biologia Evolutiv, Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia, Manaus, AM 69060-001, Brazil
Igor V. Sharakhov
Department of Entomology and Fralin Life Science Institute, Virginia Polytechnic Institute and State University, Blacksburg, VA 24061, USA
Osvaldo Marinotti
MTEKPrime, Aliso Viejo, CA 92656, USA
Maria V. Sharakhova
Department of Entomology and Fralin Life Science Institute, Virginia Polytechnic Institute and State University, Blacksburg, VA 24061, USA
Vladimir Timoshevskiy
Department of Entomology and Fralin Life Science Institute, Virginia Polytechnic Institute and State University, Blacksburg, VA 24061, USA
Giselle Moura Guimarães-Marques
Programa de Pós-Graduação em Genética, Conservação e Biologia Evolutiv, Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia, Manaus, AM 69060-001, Brazil
Valéria Silva Santos
Programa de Pós-Graduação em Genética, Conservação e Biologia Evolutiv, Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia, Manaus, AM 69060-001, Brazil
Carlos Gustavo Nunes da Silva
Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Universidade Federal do Amazonas, Av. Rodrigo Otávio, 6.200. Coroado l, Manaus, AM 69080-900, Brazil
Spartaco Astolfi-Filho
Laboratorio de Tecnologias de DNA, Divisão de Biotecnologia, Centro de Apoio Multidisciplinar, Universi dade Federal do Amazonas, Av. Rodrigo Otávio, 6.200. Coroado l, Manaus, AM 69080-900, Brazil
Wanderli Pedro Tadei
Coordenação de Sociedade Ambiente e Saúde, Laboratório de Vetores de Malária e Dengue, Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia, Av. André Araújo, 2936, Manaus, AM 69060-001, Brazil
The genome assembly of Anopheles darlingi consists of 2221 scaffolds (N50 = 115,072 bp) and has a size spanning 136.94 Mbp. This assembly represents one of the smallest genomes among Anopheles species. Anopheles darlingi genomic DNA fragments of ~37 Kb were cloned, end-sequenced, and used as probes for fluorescence in situ hybridization (FISH) with salivary gland polytene chromosomes. In total, we mapped nine DNA probes to scaffolds and autosomal arms. Comparative analysis of the An. darlingi scaffolds with homologous sequences of the Anopheles albimanus and Anopheles gambiae genomes identified chromosomal rearrangements among these species. Our results confirmed that physical mapping is a useful tool for anchoring genome assemblies to mosquito chromosomes.
