Cancers (Jan 2023)
Molecular Landscape and Validation of New Genomic Classification in 2668 Adult AML Patients: Real Life Data from the PETHEMA Registry
- Claudia Sargas,
- Rosa Ayala,
- María José Larráyoz,
- María Carmen Chillón,
- Estrella Carrillo-Cruz,
- Cristina Bilbao-Sieyro,
- Esther Prados de la Torre,
- David Martínez-Cuadrón,
- Rebeca Rodríguez-Veiga,
- Blanca Boluda,
- Cristina Gil,
- Teresa Bernal,
- Juan Miguel Bergua,
- Lorenzo Algarra,
- Mar Tormo,
- Pilar Martínez-Sánchez,
- Elena Soria,
- Josefina Serrano,
- Juan Manuel Alonso-Domínguez,
- Raimundo García-Boyero,
- María Luz Amigo,
- Pilar Herrera-Puente,
- María José Sayas,
- Esperanza Lavilla-Rubira,
- Joaquín Martínez-López,
- María José Calasanz,
- Ramón García-Sanz,
- José Antonio Pérez-Simón,
- María Teresa Gómez-Casares,
- Joaquín Sánchez-García,
- Eva Barragán,
- Pau Montesinos,
- on behalf of PETHEMA group
Affiliations
- Claudia Sargas
- Grupo Acreditado de Investigación en Hematología, Instituto de Investigación Sanitaria La Fe (IIS La Fe), 46026 Valencia, Spain
- Rosa Ayala
- Hospital Universitario 12 de Octubre, National Cancer Research Center, Complutense University, 28041 Madrid, Spain
- María José Larráyoz
- CIMA LAB Diagnostics, Departamento de Bioquímica y Genética, Universidad de Navarra, 31008 Pamplona, Spain
- María Carmen Chillón
- Servicio de Hematología, Hospital Universitario de Salamanca (HUS/IBSAL), CIBERONC, Centro de Investigación del Cáncer–IBMCC (USAL–CSIC), 37007 Salamanca, Spain
- Estrella Carrillo-Cruz
- Hospital Universitario Virgen del Rocío, Instituto de Biomedicina (IBIS/CSIC/CIBERONC), Universidad de Sevilla, 41013 Sevilla, Spain
- Cristina Bilbao-Sieyro
- Hospital Universitario de Gran Canaria Dr. Negrín, 35010 Las Palmas de Gran Canaria, Spain
- Esther Prados de la Torre
- Instituto Maimónides de Investigación Biomédica de Córdoba (IMIBIC), Hospital Universitario Reina Sofía, Universidad de Córdoba (UCO), 14004 Córdoba, Spain
- David Martínez-Cuadrón
- Servicio de Hematología, Grupo Acreditado de Investigación en Hematología, Hospital Universitario y Politécnico La Fe, Instituto de Investigación Sanitaria La Fe (IIS La Fe), 46026 Valencia, Spain
- Rebeca Rodríguez-Veiga
- Servicio de Hematología, Grupo Acreditado de Investigación en Hematología, Hospital Universitario y Politécnico La Fe, Instituto de Investigación Sanitaria La Fe (IIS La Fe), 46026 Valencia, Spain
- Blanca Boluda
- Servicio de Hematología, Grupo Acreditado de Investigación en Hematología, Hospital Universitario y Politécnico La Fe, Instituto de Investigación Sanitaria La Fe (IIS La Fe), 46026 Valencia, Spain
- Cristina Gil
- Hospital General Universitario de Alicante, 03010 Alicante, Spain
- Teresa Bernal
- Hospital Universitario Central de Asturias, Instituto Universitario (IUOPA), Instituto de Investigación del Principado de Asturias (ISPA), 33011 Oviedo, Spain
- Juan Miguel Bergua
- Hospital Universitario San Pedro de Alcántara, 10003 Cáceres, Spain
- Lorenzo Algarra
- Hospital Universitario General de Albacete, 02006 Albacete, Spain
- Mar Tormo
- Hospital Clínico Universitario–INCLIVA, 46010 Valencia, Spain
- Pilar Martínez-Sánchez
- Hospital Universitario 12 de Octubre, National Cancer Research Center, Complutense University, 28041 Madrid, Spain
- Elena Soria
- Hospital Universitario Virgen del Rocío, Instituto de Biomedicina (IBIS/CSIC/CIBERONC), Universidad de Sevilla, 41013 Sevilla, Spain
- Josefina Serrano
- Instituto Maimónides de Investigación Biomédica de Córdoba (IMIBIC), Hospital Universitario Reina Sofía, Universidad de Córdoba (UCO), 14004 Córdoba, Spain
- Juan Manuel Alonso-Domínguez
- Hospital Universitario Fundación Jiménez Díaz, 28040 Madrid, Spain
- Raimundo García-Boyero
- Hospital Universitario General de Castellón, 12004 Castellón de la Plana, Spain
- María Luz Amigo
- Hospital Universitario Morales Messeguer, 30008 Murcia, Spain
- Pilar Herrera-Puente
- Hospital Universitario Ramón y Cajal, 28034 Madrid, Spain
- María José Sayas
- Hospital Universitari Dr. Peset, 46017 Valencia, Spain
- Esperanza Lavilla-Rubira
- Complexo Hospitalario Lucus Augusti, 27003 Lugo, Spain
- Joaquín Martínez-López
- Hospital Universitario 12 de Octubre, National Cancer Research Center, Complutense University, 28041 Madrid, Spain
- María José Calasanz
- CIMA LAB Diagnostics, Departamento de Bioquímica y Genética, Universidad de Navarra, 31008 Pamplona, Spain
- Ramón García-Sanz
- Servicio de Hematología, Hospital Universitario de Salamanca (HUS/IBSAL), CIBERONC, Centro de Investigación del Cáncer–IBMCC (USAL–CSIC), 37007 Salamanca, Spain
- José Antonio Pérez-Simón
- Hospital Universitario Virgen del Rocío, Instituto de Biomedicina (IBIS/CSIC/CIBERONC), Universidad de Sevilla, 41013 Sevilla, Spain
- María Teresa Gómez-Casares
- Hospital Universitario de Gran Canaria Dr. Negrín, 35010 Las Palmas de Gran Canaria, Spain
- Joaquín Sánchez-García
- Instituto Maimónides de Investigación Biomédica de Córdoba (IMIBIC), Hospital Universitario Reina Sofía, Universidad de Córdoba (UCO), 14004 Córdoba, Spain
- Eva Barragán
- Hospital General Universitario de Alicante, 03010 Alicante, Spain
- Pau Montesinos
- Servicio de Hematología, Grupo Acreditado de Investigación en Hematología, Hospital Universitario y Politécnico La Fe, Instituto de Investigación Sanitaria La Fe (IIS La Fe), 46026 Valencia, Spain
- on behalf of PETHEMA group
- DOI
- https://doi.org/10.3390/cancers15020438
- Journal volume & issue
-
Vol. 15,
no. 2
p. 438
Abstract
Next–Generation Sequencing (NGS) implementation to perform accurate diagnosis in acute myeloid leukemia (AML) represents a major challenge for molecular laboratories in terms of specialization, standardization, costs and logistical support. In this context, the PETHEMA cooperative group has established the first nationwide diagnostic network of seven reference laboratories to provide standardized NGS studies for AML patients. Cross–validation (CV) rounds are regularly performed to ensure the quality of NGS studies and to keep updated clinically relevant genes recommended for NGS study. The molecular characterization of 2856 samples (1631 derived from the NGS–AML project; NCT03311815) with standardized NGS of consensus genes (ABL1, ASXL1, BRAF, CALR, CBL, CEBPA, CSF3R, DNMT3A, ETV6, EZH2, FLT3, GATA2, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, KIT, KRAS, MPL, NPM1, NRAS, PTPN11, RUNX1, SETBP1, SF3B1, SRSF2, TET2, TP53, U2AF1 and WT1) showed 97% of patients having at least one mutation. The mutational profile was highly variable according to moment of disease, age and sex, and several co–occurring and exclusion relations were detected. Molecular testing based on NGS allowed accurate diagnosis and reliable prognosis stratification of 954 AML patients according to new genomic classification proposed by Tazi et al. Novel molecular subgroups, such as mutated WT1 and mutations in at least two myelodysplasia–related genes, have been associated with an adverse prognosis in our cohort. In this way, the PETHEMA cooperative group efficiently provides an extensive molecular characterization for AML diagnosis and risk stratification, ensuring technical quality and equity in access to NGS studies.
Keywords
- acute myeloid leukemia
- Next–Generation Sequencing
- cross–validations
- mutational profile
- genomic classification
- clinical validation