تجزیه و تحلیل مجموعه های ژنی جهت شناسایی ژن ها و مسیرهای زیستی مرتبط با صفات وزن بدن در مرغ

Abstract

این پژوهش به منظور مطالعه پویش کل ژنوم بر پایه تجزیه و تحلیل غنی­سازی مجموعه ژنی جهت شناسایی جایگاه­های ژنی مؤثر بر وزن بدن در سنین مختلف چهار نژاد مرغ چوآ، سیلک، لنگشن و بیرد با استفاده از آرایه­های ژنومی با تراکم بالا انجام شد. اطلاعات رکوردهای فنوتیپی و ژنوتیپی نمونه­ها از پایگاه ذخیره ژنومی برخط Frontiersin استفاده شد. مطالعه پویش کل ژنومی از 402 قطعه مرغ و خروس با صفات وزن بدن از هفته اول تا 15 هفتگی در برنامه GenABEL ارزیابی شد. در مرحله بعد، تجزیه غنی­سازی مجموعه ژنی با بسته نرم افزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی عملکرد زیستی ژن­های نزدیک در مناطق انتخابی کاندیدا با پایگاه­های GO، KEGG، DAVID و PANTHER انجام شد. در این پژوهش، تعداد 10 نشانگر تک نوکلئوتیدی واقع روی کروموزوم­های 1، 2، 5، 7، 10، 14، 18، 19، 20 و 27 شناسایی شدند که با ژن­های ABCG1، MYOD1، MYH10، MYH11، MYO1B، MYO1C، MYO1E، MYL1، MYL2، MYL3، SLC2A8، ACACA، ACOX1، ACOX2 و PNPLA2 مرتبط بودند. برخی از این ژن­ها در مناطق معنی­دار با مطالعات قبلی هم­خوانی داشتند. در تجزیه غنی­سازی مجموعه ژنی، تعداد 17 مسیر هستی­شناسی ژنی و بیوشیمیایی با صفات وزن بدن شناسایی شدند (01/0P˂). از این بین، مسیرهای cytoskeletal protein binding،anatomical structure development و Tricarboxylic acid cycle نقش مهمی در توسعه الیاف عضلانی اسکلتی و سوخت و ساز چربی داشتند. با توجه به تأیید مناطق قبلی پویش ژنومی صفات وزن بدن و شناسایی مناطق ژنومی جدید، استفاده از یافته­های این تحقیق می­تواند سبب تسریع در پیشرفت ژنتیکی برنامه­های اصلاح نژادی مرغ شود.

Keywords

• تجزیه بر پایه مسیر
• ژن کاندیدا
• مرغ
• وزن بدن