انگشت‌نگاری و فیلوژنی مولکولی برخی از سیانوباکتری‌های هتروسیت‌دار با استفاده از مناطق 16S rRNA، ITS و پالیندروم‌های به ‌شدت تکراری به ‌عنوان مارکرهای مولکولی

Abstract

هدف از این مطالعه، یافتن روابط فیلوژنتیک سیانوباکتری‌ها براساس ژن‌های 16S rRNA و ITS و توالی‌های پالیندرومی HIP، ERIC و STRR بوده است. به این منظور، نمونه‌برداری از پنج چشمه از قنات‌های کم‌عمق روستاهای گنبدکاووس (استان گلستان) انجام شد و در محیط کشت Z8 خالص‌سازی گردید. پس از استخراج DNA، ژن‌های 16S rRNA و ITS تکثیر و توالی‌یابی شدند. درخت فیلوژنتیک با استفاده از روش Likelihood Maximum و مدل مناسب به کمک وب سرور برخط Iqtree server ساخته شد. ساختار ثانویه ITS، در بخش‌های مختلف مارپیچ D1-D1′، D2، D3، tRNAIle، tRNAAla، BOX B، BOX A و V3 به کمک برنامه Mfold رسم شد. سپس، آنالیز فیلوژنتیک انگشت‌نگاری‌ها به کمک حضور و عدم حضور باندهای مجزا و قابل تکثیر در هر الگوی انگشت‌نگاری DNA تولید شده با پروفایل‌های PCR HIP، ERIC و STRR، به اطلاعات دوتایی تبدیل برای ساختن دندروگرام مرکب، استفاده شد. نتایج نشان داد که سویه‌های مورد بررسی متعلق به چهار تیره به اسامی Aphanizomenonaceae، Nostocaceae، Hapalosiphonaceae و Calotrichaceae از زیربخش راسته Nostocales بودند. نتایج کلاسترهای دندروگرام‌های رسم شده حاصل از تکثیر توالی‌های پالیندرومی تاییدکننده کلاستربندی‌های درخت‌های فیلوژنتیکی بود. به هر ‌حال، نتایج حاصل از بخش‌های متغیر در بخش‌های D1-D1′ و Box-B ژن ITS، ساختارهای ثانویه منحصر به ‌فردی یافت گردید که الگوی مشابهی با سویه‌های نزدیک به خود را نداشتند. نتایج کلی نشان داد که داده‌های حاصل از انگشت‌نگاری‌های ژنومیک، آنالیزهای درون‌رایانه‌ای و فیلوژنتیکی، برای تمایز سویه‌های نزدیک به هم سیانوباکتری‌ها بسیار مفید می‌باشند.

Keywords

• آنالیزهای درون رایانه‌ای
• aphanizomenonaceae
• calotrichaceae
• hapalosiphonaceae
•  nostocaceae