شناسایی میکرو RNAهای جدید در کلزا (.Brassica napus L) و نقشی که در سرکوب ژن‌های هدف به‏عهده دارند

Abstract

میکرو RNAها گروهی از RNAهای کوچک غیررمزکننده پروتئین با طول تقریبا 18 تا 24 نوکلئوتید هستند که در تغییرات پس از رونویسی در یوکاریوت‏ها نقش سرکوب کننده mRNA دارند. به عبارت دیگر میکرو RNA بیان ژن را یا از طریق تجزیه یا سرکوب ترجمه mRNA تنظیم می‎. میکرو RNAها به‎طور مستقیم بر فرآیندهای مانند رشد و نمو، ریخت شناسی، زمان گلدهی، سوخت و ساز، متابولیسم اسیدهای چرب، گلیکولیز و پاسخ به تنش‌های زنده و غیر زنده در گیاهان تاثیرگذار هستند. برای شناسایی میکرو RNAها روش‌های مختلفی وجود دارد که استفاده از داده‌های زیستی(بیوانفورماتیک) یکی ازکم‎هزینه‎ترین و ساده‎ترین روش‌ها می‌باشد. توالی‌های miRAN بالغ شناخته‎شده از شمار زیادی گونه جانوری، گیاهی از پایگاه داده miRBase دانلود شد. از توالی‎های miRNA به‌عنوان توالی شناخته‎شده برای یافتن miRNAهای حفاظت‎شده بر پایه جستجوی همسانی بین miRNAها با GSSهای گیاه کلزا استفاده شد. ابتدا توالی‎های GSS در گیاه کلزا از بانک اطلاعاتی NCBI در برابر miRNAهای شناخته‌شده BLASTn شدند. برای شناسایی رونوشت‎ها و ژن‏های هدف از تشابه مکمل معکوس بین miRNA و رونوشت هدف استفاده شد. در نهایت پنج عدد miRNA بالغ جدید شناسایی‌شد. ژن‌های مانند LUC7L3 ,UEL1D ,WSD1 ,LBD41 ,HST,NST1 ,CIPK26 و CNOT11 که به چندین خانواده ‎ژنی با عملکردهای بیولوژیکی مختلف تعلق داشتند، شناسایی‎شد. در این تحقیق از سرورها و نرم‏افزارهای مانند Mfold، miRBase، psRNATarget و GC content استفاده شد.

Keywords

• توالی gss
• روش داده‎های زیستی
• یوکاریوت
• کلزا
• mrna هدف