دینامیک حباب و نحوه ی شکل گیری آن در مارپیچ دوگانه DNA

Abstract

از دیدگاه فیزیک آماری باز شدن محلی DNA یک پدیده ی جذاب به شمار می آید. دناتوراسیون محلی مارپیچ دوگانه DNA یک الگوی اساسی برای توابع بیولوژیکی مانند تکرار و رونویسی از DNA می باشد.مدل های مزوسکوپی مانند دو مدل PB و PBD دقت زیادی برای نشان دادن منحنی دناتوراسیون و انتقال فاز در حد ترمودینامیکی دارند، بر این اساس در این مقاله با استفاده از کسر مولکول های باز شده و همچنین کسر جفت بازهای باز شده در رشته دوگانه DNA، به مقایسه نحوه احتمال تشکیل حباب در دو مدل گفته شده پرداخته شده است. همچنین با استفاده از طیف ابعاد رنی به بررسی نقاط پیش ذوب و دمای دناتوراسیون در مدل PBD پرداخته شده است. بعد رنی بعنوان ابزاری برای تأیید نتایج قبلی و پیشگویی نتایج مورد استفاده قرار گرفته است که بخوبی می تواند نقاط بحرانی سیستم را مشخص کند.در نهایت مشخص می شود مدل غیر خطی PBD به صورت بهتر و جامع تر منحنی تشکیل حباب را نشان داده است

Keywords

• دی ان آ
• حباب
• دناتوراسیون
• ذوب دی ان آ