食蟹猴全基因组微卫星分布特征分析

Abstract

微卫星广泛存在于真核生物和原核生物基因组中,是较为理想的分子标记。食蟹猴是生物医学研究领域中重要的灵长类动物模型,而食蟹猴基因组微卫星研究有助于筛选和开发更多的微卫星标记。利用生物信息学软件对食蟹猴全基因组微卫星进行了搜索,共搜索到微卫星总数为1284929个,微卫星序列长度为26044651 bp,占全基因组的0.890%。整个基因组微卫星平均丰度是451.3个/Mb,平均密度9118.7 bp/Mb。不同重复类型微卫星表现为单碱基(56.74%)>四碱基(16.72%)>二碱基(16.67%)>三碱基(5.96%)>五碱基(3.35%)>六碱基(0.56%)。不同染色体上微卫星数量上,以1号最多,其次是3号,最少的是18号。染色体上微卫星丰度、密度与染色体GC含量呈显著线性正相关(PP<0.01)。食蟹猴基因组微卫星数量排名前5位的拷贝类别依次是A、AC、AAAT、AG、AT,数量优势单碱基、二碱基、三碱基、四碱基、五碱基和六碱基分别是A、AC、AAT、AAAT、AAACA和AAACAA。

Keywords

• 食蟹猴
• 微卫星分布
• 基因组