Os órgãos genitais dos animais domésticos geralmente são colonizados por diversos microrganismos. O objetivo deste trabalho é descrever a microbiota do útero e da vagina em cutias nulíparas e não nulíparas, pertencentes ao Zoológico Municipal de Catanduva –SP. Durante ovariossalpingohisterectomia, colheu-se material para a análise microbiológica mediante a introdução de swabs estéreis na vagina e em cada corno uterino. Observou-se presença de Proteus sp. no material uterino de apenas um dos animais. No material vaginal de todos os animais constatou-se a presença de várias bactérias (Proteus sp., Escherichia coli, Citrobacter sp., Pseudomonas sp. e Staphylococcus sp.) e leveduras. A microbiota vaginal e uterina de cutias apresenta padrão de colonização diferente daquela observada em outros animais domésticos, na mulher e na rata.