Delta Variant of SARS-CoV-2 Replacement in Brazil: A National Epidemiologic Surveillance Program
Joice P. Silva,
Aline B. de Lima,
Luige B. Alvim,
Frederico S. V. Malta,
Cristiane P. T. B. Mendonça,
Paula L. C. Fonseca,
Filipe R. R. Moreira,
Daniel C. Queiroz,
Jorge G. G. Ferreira,
Alessandro C. S. Ferreira,
Renan P. Souza,
Renato S. Aguiar,
Danielle A. G. Zauli
Affiliations
Joice P. Silva
Departamento de Pesquisa & Desenvolvimento, Instituto Hermes Pardini, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
Aline B. de Lima
Departamento de Pesquisa & Desenvolvimento, Instituto Hermes Pardini, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
Luige B. Alvim
Departamento de Pesquisa & Desenvolvimento, Instituto Hermes Pardini, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
Frederico S. V. Malta
Departamento de Pesquisa & Desenvolvimento, Instituto Hermes Pardini, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
Cristiane P. T. B. Mendonça
Departamento de Pesquisa & Desenvolvimento, Instituto Hermes Pardini, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
Paula L. C. Fonseca
Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
Filipe R. R. Moreira
Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 21941-971, Brazil
Daniel C. Queiroz
Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
Jorge G. G. Ferreira
Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
Alessandro C. S. Ferreira
Departamento de Pesquisa & Desenvolvimento, Instituto Hermes Pardini, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
Renan P. Souza
Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
Renato S. Aguiar
Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
Danielle A. G. Zauli
Departamento de Pesquisa & Desenvolvimento, Instituto Hermes Pardini, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
Coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic has caused immeasurable impacts on the health and socioeconomic system. The real-time identification and characterization of new Variants of Concern (VOCs) are critical to comprehend its emergence and spread worldwide. In this sense, we carried out a national epidemiological surveillance program in Brazil from April to October 2021. Genotyping by reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) and sequencing were performed to monitor the dynamics and dissemination of VOCs in samples from 15 federative units. Delta VOC was first detected on June 2021 and took sixteen weeks to replace Gamma. To assess the transmissibility potential of Gamma and Delta VOCs, we studied the dynamics of RT-qPCR cycle threshold (Ct) score in the dominance period of each variant. The data suggest that Delta VOC has a higher transmission rate than Gamma VOC. We also compared relevant symptom patterns in individuals infected with both VOCs. The Delta-infected subjects were less likely to have low oxygen saturation or fatigue, altered results on chest computed tomography, and a propensity for altered X-rays. Altogether, we described the replacement of Gamma by Delta, Delta enhanced transmissibility, and differences in symptom presentation.
