Genes (Mar 2020)
Transcriptome Analysis Identifies LINC00152 as a Biomarker of Early Relapse and Mortality in Acute Lymphoblastic Leukemia
- Diego Alberto Bárcenas-López,
- Juan Carlos Núñez-Enríquez,
- Alfredo Hidalgo-Miranda,
- Fredy Omar Beltrán-Anaya,
- Didier Ismael May-Hau,
- Elva Jiménez-Hernández,
- Vilma Carolina Bekker-Méndez,
- Janet Flores-Lujano,
- Aurora Medina-Sansón,
- Edna Liliana Tamez-Gómez,
- Víctor Hugo López-García,
- José Ramón Lara-Ramos,
- Nora Nancy Núñez-Villegas,
- José Gabriel Peñaloza-González,
- Luz Victoria Flores-Villegas,
- Raquel Amador-Sánchez,
- Rosa Martha Espinosa-Elizondo,
- Jorge Alfonso Martín-Trejo,
- Martha Margarita Velázquez-Aviña,
- Laura Elizabeth Merino-Pasaye,
- María Luisa Pérez-Saldívar,
- David Aldebarán Duarte-Rodríguez,
- José Refugio Torres-Nava,
- Beatriz Cortés-Herrera,
- Karina Anastacia Solís-Labastida,
- Ana Itamar González-Ávila,
- Jessica Denisse Santillán-Juárez,
- Alejandra Jimena García-Velázquez,
- Haydee Rosas-Vargas,
- Minerva Mata-Rocha,
- Omar Alejandro Sepúlveda-Robles,
- Juan Manuel Mejía-Aranguré,
- Silvia Jiménez-Morales
Affiliations
- Diego Alberto Bárcenas-López
- Programa de Doctorado, Posgrado en Ciencias Biológicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Mexico City 04510, Mexico
- Juan Carlos Núñez-Enríquez
- Unidad de Investigación Médica en Epidemiologia Clínica, UMAE Hospital de Pediatría “Dr. Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City 06720, Mexico
- Alfredo Hidalgo-Miranda
- Laboratorio de Genómica del Cáncer, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Mexico City 14610, Mexico
- Fredy Omar Beltrán-Anaya
- Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Mexico City 04510, Mexico
- Didier Ismael May-Hau
- Programa de Maestría en Investigación Clínica Experimental en Salud, Universidad Nacional Autónoma de México, Mexico City 04510, Mexico
- Elva Jiménez-Hernández
- Servicio de Hematología Pediátrica, Hospital General “Gaudencio González Garza”, Centro Médico Nacional “La Raza”, IMSS, Mexico City 02990, Mexico
- Vilma Carolina Bekker-Méndez
- Unidad de Investigación Médica en Inmunología e Infectología, Hospital de Infectología “Dr. Daniel Méndez Hernández”, Centro Médico Nacional “La Raza”, IMSS, Mexico City 02990, Mexico
- Janet Flores-Lujano
- Unidad de Investigación Médica en Epidemiologia Clínica, UMAE Hospital de Pediatría “Dr. Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City 06720, Mexico
- Aurora Medina-Sansón
- Servicio de Hemato-Oncologia, Hospital Infantil de México Federico Gómez, Secretaria de Salud (SS), Mexico City 06720, Mexico
- Edna Liliana Tamez-Gómez
- Servicio de Hemato-Oncología Hospital Infantil de Tamaulipas, Secretaría de Salud (SS), Cd. Victoria Tamaulipas 87070, Mexico
- Víctor Hugo López-García
- Servicio de Ortopedia Pediátrica, Hospital Infantil de Tamaulipas, Secretaría de Salud (SS), Cd. Victoria Tamaulipas 87070, Mexico
- José Ramón Lara-Ramos
- Departamento de Genética, Hospital Infantil de Tamaulipas, Secretaría de Salud (SS), Cd. Victoria Tamaulipas 87070, Mexico
- Nora Nancy Núñez-Villegas
- Servicio de Hematología Pediátrica, Hospital General “Gaudencio González Garza”, Centro Médico Nacional “La Raza”, IMSS, Mexico City 02990, Mexico
- José Gabriel Peñaloza-González
- Servicio de Onco-Pediatría, Hospital Juárez de México, Secretaría de Salud (SS), Mexico City 07760, Mexico
- Luz Victoria Flores-Villegas
- Servicio de Hematología Pediátrica, Centro Médico Nacional “20 de Noviembre”, Instituto de Seguridad y Servicios Sociales de los Trabajadores del Estado (ISSSTE), Mexico City 03100, Mexico
- Raquel Amador-Sánchez
- Hospital General Regional 1 “Dr. Carlos McGregor Sánchez Navarro”, IMSS, Mexico City 03103, Mexico
- Rosa Martha Espinosa-Elizondo
- Servicio de Hematología Pediátrica, Hospital General de México “Dr. Eduardo Liceaga”, Secretaría de Salud (SS), Mexico City 06720, Mexico
- Jorge Alfonso Martín-Trejo
- Servicio de Hematología Pediátrica UMAE Hospital de Pediatría “Dr. Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, IMSS, Mexico City 06720, Mexico
- Martha Margarita Velázquez-Aviña
- Servicio de Onco-Pediatría, Hospital Juárez de México, Secretaría de Salud (SS), Mexico City 07760, Mexico
- Laura Elizabeth Merino-Pasaye
- Servicio de Hematología Pediátrica, Centro Médico Nacional “20 de Noviembre”, Instituto de Seguridad y Servicios Sociales de los Trabajadores del Estado (ISSSTE), Mexico City 03100, Mexico
- María Luisa Pérez-Saldívar
- Unidad de Investigación Médica en Epidemiologia Clínica, UMAE Hospital de Pediatría “Dr. Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City 06720, Mexico
- David Aldebarán Duarte-Rodríguez
- Unidad de Investigación Médica en Epidemiologia Clínica, UMAE Hospital de Pediatría “Dr. Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City 06720, Mexico
- José Refugio Torres-Nava
- Servicio de Oncología, Hospital Pediátrico de Moctezuma, Secretaria de Salud del D.F., Mexico City 15530, Mexico
- Beatriz Cortés-Herrera
- Servicio de Hematología Pediátrica, Hospital General de México “Dr. Eduardo Liceaga”, Secretaría de Salud (SS), Mexico City 06720, Mexico
- Karina Anastacia Solís-Labastida
- Servicio de Hematología Pediátrica UMAE Hospital de Pediatría “Dr. Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, IMSS, Mexico City 06720, Mexico
- Ana Itamar González-Ávila
- Hospital General Regional 1 “Dr. Carlos McGregor Sánchez Navarro”, IMSS, Mexico City 03103, Mexico
- Jessica Denisse Santillán-Juárez
- Servicio de Hemato-Oncología Pediátrica, Hospital Regional No. 1 de Octubre, ISSSTE, Mexico City 07300, Mexico
- Alejandra Jimena García-Velázquez
- Servicio de Hemato-Oncología Pediátrica, Hospital Regional No. 1 de Octubre, ISSSTE, Mexico City 07300, Mexico
- Haydee Rosas-Vargas
- Unidad de Investigación en Genética Humana, UMAE Hospital de Pediatría “Dr. Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, IMSS, Mexico City 06720, Mexico
- Minerva Mata-Rocha
- Unidad de Investigación en Genética Humana, UMAE Hospital de Pediatría “Dr. Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, IMSS, Mexico City 06720, Mexico
- Omar Alejandro Sepúlveda-Robles
- Unidad de Investigación en Genética Humana, UMAE Hospital de Pediatría “Dr. Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, IMSS, Mexico City 06720, Mexico
- Juan Manuel Mejía-Aranguré
- Unidad de Investigación Médica en Epidemiologia Clínica, UMAE Hospital de Pediatría “Dr. Silvestre Frenk Freund”, Centro Médico Nacional “Siglo XXI”, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City 06720, Mexico
- Silvia Jiménez-Morales
- Laboratorio de Genómica del Cáncer, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Mexico City 14610, Mexico
- DOI
- https://doi.org/10.3390/genes11030302
- Journal volume & issue
-
Vol. 11,
no. 3
p. 302
Abstract
Evidence showing the role of long non-coding RNAs (lncRNAs) in leukemogenesis have emerged in the last decade. It has been proposed that these genes can be used as diagnosis and/or prognosis biomarkers in childhood acute lymphoblastic leukemia (ALL). To know if lncRNAs are associated with early relapse and early mortality, a microarray-based gene expression analysis in children with B-lineage ALL (B-ALL) was conducted. Cox regression analyses were performed. Hazard ratios (HR) and 95% confidence intervals (95% CI) were calculated. LINC00152 and LINC01013 were among the most differentially expressed genes in patients with early relapse and early mortality. For LINC00152 high expression, the risks of relapse and death were HR: 4.16 (95% CI: 1.46−11.86) and HR: 1.99 (95% CI: 0.66−6.02), respectively; for LINC01013 low expression, the risks of relapse and death were HR: 3.03 (95% CI: 1.14−8.05) and HR: 6.87 (95% CI: 1.50−31.48), respectively. These results were adjusted by NCI risk criteria and chemotherapy regimen. The lncRNA−mRNA co-expression analysis showed that LINC00152 potentially regulates genes involved in cell substrate adhesion and peptidyl−tyrosine autophosphorylation biological processes. The results of the present study point out that LINC00152 could be a potential biomarker of relapse in children with B-ALL.
Keywords
- acute lymphoblastic leukemia
- long noncoding rna
- <i>linc00152</i>
- <i>linc001013</i>
- early relapse
- microarray expression analysis