تحلیل فیلوژنتیکی پروتئین HC-Pro جدایه‌های ایرانی ویروس موزاییک زرد لوبیا

Abstract

مقدمه: ویروس موزاییک زرد لوبیا (Bean yellow mosaic virus)به جنس Potyvirus و خانوادۀ Potyviridaeتعلقدارد و دارای پراکندگی جهانی گسترده و دامنۀ میزبانی وسیع است. در پژوهش حاضر، روابط فیلوژنتیکی 8 جدایۀ این ویروس که در سال‌های زراعی 96 و 97 از مناطق جغرافیایی مختلف ایران (آذربایجان شرقی، اردبیل، قزوین، زنجان، همدان، خوزستان، فارس و کرمان) از روی باقلا جدا شده بودند، در مقایسه با سایر جدایه‌های موجود در بانک ژن بررسی شدند. مواد و روش‏‏ها: برگ‌های گیاهان دارای نشانه‌های ویروسی از مزارع باقلای نواحی مختلف ایران نمونه‏برداری و به آزمایشگاه منتقل شدند. به‌منظور تشخیص نمونه‌های آلوده به ویروس موزاییک زرد لوبیا، ابتدا از آزمون داس الیزا و آنتی‌بادی اختصاصی ویروس استفاده شد؛ سپس RNA کل نمونه‌های آلوده استخراج و ناحیۀ HC-Proجدایه‌های انتخابی تکثیر و توالی‌یابی شد. ارزیابی توالی، بررسی روابط فیلوژنتیکی، بررسی ساختار پروتئینی و همچنین شناسایی وقوع نوترکیبی در ناحیۀ HC جدایه‌های BYMV انتخابی با نرم‌افزارهای مختلف انجام شد. نتایج: در درخت فیلوژنتیکی رسم‌شده، جدایه‌های ایرانی در دو گروه مونوفیلتیک مجزا قرار گرفتند؛ به‌طوری‌که پنج جدایۀ آذربایجان‌ شرقی، قزوین، زنجان، فارس و کرمان در کنار دو جدایه از استرالیا و ژاپن که همگی از روی باقلا جدا شده بودند، در یک گروه جای گرفتند و جدایه‌ها‌‌ی اردبیل، همدان و خوزستان به همراه دو جدایۀ دیگر ایرانی موجود در بانک ژن، دو جدایه از هند و دو جدایه از ژاپن در گروه دیگر قرار گرفتند. بر اساس نتایج آزمون نوترکیبی، هیچ‌کدام از جدایه‌های ایرانی جمع‌آوری‌شده در پژوهش حاضر، جدایۀ نوترکیب تشخیص داده نشدند. بحث و نتیجه‏گیری: درک تغییرات ژنتیکی و نوترکیبی جمعیت ویروسی پیش‌نیاز مهمی برای تشخیص کارآمد، مدیریت مؤثر و کنترل بیماری در درازمدت است. قطعاً نتایج در توسعۀ راهکار‌هایی کاربرد دارند که به مقاومت در برابر BYMV منتج می‌شوند و چنانچه این بیماری در آینده همه‌گیر شود، می‌توانند در راستای اتخاذ راهبردهای مدیریتی اثربخش باشند.

Keywords

• تحلیل فیلوژنتیکی
• آرایه‌بندی
• hc-pro
• bymv