Panel of informative SNP markers for two genetic lines of European bison: Lowland and Lowland–Caucasian

Abstract

Conjunto de marcadores de tipo PSN para dos líneas genéticas de bisonte europeo: Lowland y Lowland–Caucasiana Debido al cuello de botella demográfico, la población actual de bisonte europeo muestra un elevado grado de endogamia y una pérdida significativa de variabilidad genética. Es necesario que en los estudios realizados con estas especies específicas se apliquen métodos que permitan obtener tanta información genómica como sea posible en un tiempo breve. El objetivo de este estudio era definir un conjunto de marcadores de tipo PSN (polimorfismo de un solo nucleótido) que pudiera servir para analizar la diversidad genética de las dos líneas de bisontes europeos: Lowland (LB) y Lowland–Caucasiana (LC). En el estudio se analizaron 57 individuos de la línea LB y 72 de la línea LC. Para caracterizar bien el rendimiento de los PSN en el bisonte europeo, se usaron dos micromatrices multigénicas (genochip) con densidades diferentes de marcadores: BovineSNP50 v2 BeadChip y BovineHD BeadChip. Como consecuencia de los criterios adoptados, se seleccionaron 1.421 y 22.122 marcadores, respectivamente. Sobre la base del análisis estadístico (frecuencias alélicas, prueba exacta de Fisher y prueba Z), en última instancia se seleccionó un conjunto de 1.536 marcadores informativos de PSN para los estudios adicionales, 26 de los cuales tienen alelos privados para LB y 611, para la línea LC. La información obtenida en este estudio podría enriquecer aún más y apoyar a los programas de reproducción en un contexto de parentesco entre especímenes particulares y manadas que viven en cautividad en centros reproductivos.