فراتحلیل مطالعات پویش ژنومی بررسی ارتباط نشانگرهای تک نوکلوتیدی با اسیدهای چرب شیر در گاو هلشتاین

Abstract

سابقه و هدف: شیر گاو به عنوان یکی از منابع غذایی اصلی با طیف وسیعی از ترکیبات مغذی برای انسان‌ها شناخته می‌شود. یکی از اجزای کلیدی شیر، اسیدهای چرب هستند که به عنوان اجزای اساسی چربی موجود در شیر شناخته می‌شوند. این اجزا باعث ایجاد ساختار چربی منحصر به فرد در شیر می‌شوند. پویش ژنومی با دقت آماری بالا، نقش مهمی در شناسایی جایگاه‌های علّی کاندید موثر در بروز صفات کمی دارد. تعداد زیادی از مطالعات پویش ژنومی در گاو، به ویژه در گاوهای هلشتاین، شرایط مطلوبی را برای ادغام چندین مطالعه مستقل فراهم می‌کند. با استفاده از روش‌هایی مانند فراتحلیل، امکان شناسایی دقیق‌تر جایگاه‌های مرتبط با صفات کمی اسیدهای چرب شیر در گاوهای هلشتاین فراهم شده‌است. هدف اصلی این پژوهش، شناسایی دقیق جایگاه‌های صفات کمی مرتبط با اسیدهای چرب شیر در گاوهای هلشتاین است. برای دستیابی به این هدف، از تکنیک‌ فراتحلیل بهره گرفته شد. این مطالعه می‌تواند با شناخت بهتر از ساختار ژنتیکی اسیدهای چرب، در بهبود صحت انتخاب‌های ژنتیکی و بهینه‌سازی اسیدهای چرب در شیر گاوهای هلشتاین موثر باشد. مواد و روش‌ها: جستجو برای مجموعه مطالعات پویش ژنومی در گوگل اسکولار با استفاده از کلید واژه‌‌های گاوهای هلشتاین، مطالعات پویش ژنومی و اسیدهای چرب شیر انجام شد. مجموعه چند‌‌شکلی‌های تک نوکلئوتیدی بدست آمده برای گاوهای هلشتاین (چینی، دانمارکی و هلندی) از کشورهای مختلف در 4 مطالعه مستقل از سال 2012 تا 2019 در دسترس بود. از مطالعات قبلی پویش ژنومی، تعداد 1524 چند‌‌شکلی‌ تک نوکلئوتیدی مرتبط با اسیدهای چرب شیر در دسترس می باشد. فراتحلیل با استفاده از خلاصه آماری پویش ژنومی (یعنی مقادیر P، اندازه نمونه، اثرات آللی و غیره) در بین گاوهای هلشتاین انجام شد. در مطالعه حاضر، از نرم‌افزار METAL برای فراتحلیل مدل وزنی امتیاز Z استفاده شد. این روش، چند‌‌شکلی‌های تک نوکلئوتیدی معنی‌دار را با P کمتر از 05/0 با هم ترکیب و ارزیابی می‌کند.یافته‌ها: این مطالعه، مهمترین چند‌‌شکلی‌های تک نوکلئوتیدی را برای اسیدهای چرب شیر شناسایی کرد، به عنوان مثال، معنی‌دارترین چندشکلی تک نوکلئوتیدی برای اسید چرب اشباع 16 کربنه C16:0 شامل rs109421300و rs137372738 به ترتیب با 102e-05/1P= و 23e-62/6P= بودند. بنابراین این چند‌‌شکلی‌های تک نوکلئوتیدی نقش مهمی در بهبود اسیدهای چرب شیر و کیفیت تولید شیر دارند.نتیجه‌گیری: در مجموع، نتایج این مطالعه نشان داد که با توجه به سطوح معنی‌داری بالاتر برای چندشکلی‌های تک نوکلئوتیدی در مطالعه فراتحلیل در مقایسه با مطالعات پویش ژنومی انفرادی، می‌توان با صحت بیشتری به شناسایی جایگاه‌های کمی و چندشکلی‌های تک نوکلئوتیدی پرداخت. این نوع مطالعات کمک می‌کند تا درک بهتری از مناطق جایگاه‌های کمی برای صفات اسیدهای چرب شیر داشته باشیم. بنابراین، شناسایی چندشکلی‌های تک نوکلئوتیدی و ژن‌های مهم با صحت بالاتر می‌تواند نقش مؤثری در ارزیابی ژنومی و طراحی برنامه‌های اصلاح نژادی با هدف بهبود اسیدهای چرب و کیفیت تولید شیر داشته باشد.

Keywords

• اسیدهای چرب شیر
• فراتحلیل
• گاوهای هلشتاین
• مطالعات پویش ژنومی