Journal of Taibah University Medical Sciences (Dec 2023)

Transmission dynamics, responses, and clinical features for the first 1100 COVID-19 cases in South Batinah, Oman: Major lessons from a provincial perspective

  • Zayid K. Almayahi, MD, DFE,
  • Sami M. Al Mujaini, MD,
  • Nasser Al Shaqsi, BSN,
  • Noaman Al Hattali, DN,
  • Azza Al Hattali, BSN,
  • Yusra Al Ghafri, MD,
  • Nasser Al Lamki, DFSE,
  • Zalkha Al Kharusi, BSN,
  • Naima Al Jaradi, DN,
  • Ahmed Al Mayahi, DN,
  • Muna Al Subhi, DN,
  • Haitham Al Naabi, BSN,
  • Haitham Al Siyabi, DDT,
  • Ahmed S. Al Jaradi, DN,
  • Idrees Al Nofli, DN,
  • Sultan Al Khanjari, DN,
  • Muatasim Al Naabi, DN,
  • Amir Al Subhi, DMLT,
  • Ahmed AL. Jabri, DN,
  • Yousif Al Jarjari, DN,
  • Saif Al Harmali, DN,
  • Naeema Al Gefaily, DN,
  • Seif Al Mamari, DN,
  • Abdullah Al Kharusi, DDT,
  • Marwa Al Khudhuri, BSc,
  • Muradjan Al Baloshi, MBBS,
  • Dalal Al Shaqsi, DipIT,
  • Fakhriya Al Ghafri, BSc,
  • Khalid Al Dhuhli, MD,
  • Rashid Al Malki, MD

Journal volume & issue
Vol. 18, no. 6
pp. 1627 – 1645

Abstract

Read online

الملخص: أهداف البحث: هدفت هذه الدراسة إلى استكشاف وتحليل الملامح الوبائية ورصد واستجابة كوفيد-19، وديناميكيات انتقالها وتشكل المجموعات. طرق البحث: تحليل استرجاعي لبيانات الرصد، بما في ذلك تتبع الاتصال، وعوامل الخطر، والمعلومات السريرية. أجريت تحليلات الانحدار اللوجستية الثنائية لتقييم احتمالات القبول، وتشكل المجموعات، وكونه حالة رئيسية. تم توضيح المجموعات باستخدام أنظمة البيانات الجغرافية وتحليل الشبكات وبرامج التصور. النتائج: تم تشخيص ١١٠٠ حالة إصابة بفيروس كوفيد-١٩ في الفترة من ٢٠ مارس إلى ٧ يونيو ٢٠٢٠، وكانت ١٤٤ حالة منها (١٣,١٪) بدون أعراض. كانت المدة المتوسطة من بدء الأعراض حتى القبول في المستشفى ٧ أيام (٤,٥ - ١٠)، ومدة الأعراض نفسها كانت ٥ أيام (٣ - ٩). تم تحديد 89 مجموعة تحتوي على ٧٣٦ مريضا. وتم تمييز ثلاث مراحل توضح إجراءات الرصد والسيطرة. بدأت المجموعات في المرحلة الثانية وزادت وضوحا في المرحلة الثالثة. المرضى الذين تجاوزوا سن ٥٠ عاما وأولئك الذين يعانون من الحمى لديهم فرصة أكبر للقبول في المستشفى، بنسبة ١٢,٨٥ (٩٥٪ م.م. ٥,١٣ – ٣٢,١٩) و ٢,٥٣ (٩٥٪ م.م. ١,٢٤ – ٥,١٧) على التوالي. وقد لوحظ تشكل المجموعات بين الإناث والمرضى الذين لم يظهروا أعراضا وبين سكان ولاية عوابي، بنسب ٢,٣ (٩٥٪ م.م. ١,٧ – ٣,١) و ٦,٣٩ (٩٥٪ م.م. ٢,٣٣ – ١٧,٢) و ٣,٥٤ (٩٥٪ م.م. ٢,٠٦ – ٦,٠٧) على التوالي. وكان لدى المرضى العاملين في قطاعات الشرطة والدفاع فرصة أعلى لكونهم حالة رئيسية، بنسبة ٧,٨٨ (٩٥٪ م.م. ٣,٣٥ – ١٨,٥٢). الاستنتاجات: يجب دعم التدخلات القائمة على الحالات من خلال التدابير الموسعة على مستوى السكان - خاصة قيود الحركة. يعد إنشاء فرق الوقاية أو وحدات المنطقة، أو من خلال الرعاية الأولية أمرا حاسما للسيطرة على الأوبئة المستقبلية. يجب أن تكون الوقاية دائما أولوية للفئات السكانية الضعيفة. Abstract: Objectives: This study was aimed at exploring and analyzing the epidemiological profile, surveillance, and response to COVID-19, including transmission dynamics and cluster formation. Methodology: This was a retrospective analysis of surveillance data, including contact tracing, risk factors, and clinical information. Binary logistic regressions were used to assess the likelihood of admission, cluster formation, and of each individual being an index patient. Clusters were demonstrated through geographic data systems, network analysis, and visualization software. Results: A total of 1100 COVID-19 cases were diagnosed from 20 March to 7 June 2020, of which 144 (13.1%) were asymptomatic. The median time from symptom onset to admission was 7 days (IQR, 4.5–10), and the median symptom duration was 5 days (IQR, 3–9). Eighty-nine clusters containing 736 patients were identified. The surveillance and control actions were divided into three phases. Clusters began to form in phase 2 and became more pronounced in phase 3. Patients ≥50 years of age and patients presenting with fever had relatively higher odds of admission: OR = 12.85 (95% CI 5.13–32.19) and 2.53 (95% CI 1.24–5.17), respectively. Cluster formation was observed among females, asymptomatic patients, and people living in Awabi: OR = 2.3 (95% CI 1.7–3.1), 6.39 (95% CI 2.33–17.2), and 3.54 (95% CI 2.06–6.07), respectively. Patients working in the police and defense sectors had higher odds of being an index patient: OR = 7.88 (95% CI 3.35–18.52). Conclusion: Case-based interventions should be supported by population-wide measures, particularly movement restrictions. Establishing prevention teams or district units, or primary care will be crucial for the control of future pandemics. Prevention should always be prioritized for vulnerable populations.

Keywords