Se analizan los cambios en el acuífero costero de Chipiona durante el último medio siglo, motivados por las transformaciones agrarias y la gestión de los recursos hídricos en la comarca. El acuífero pasó de sufrir procesos de sobreexplotación e intrusión marina en los años 90, a un incremento en el almacenamiento por la reducción de bombeos y la mayor recarga asociada al uso de agua superficial alóctona para el riego de cultivos. Estas modificaciones conllevaron cambios significativos en la hidroquímica de las aguas subterráneas: (i) se detecta retroceso de la cuña salina y (ii) se ha incrementado la salinidad por el lavado de suelos agrícolas y la aplicación de agua de riego de calidad mediocre procedente de la cuenca baja del río Guadalete. Finalmente, se plantean algunas pautas de gestión dirigidas a la mejora y protección de la calidad.