Frontiers in Microbiology (Feb 2022)
Seroprevalence, Prevalence, and Genomic Surveillance: Monitoring the Initial Phases of the SARS-CoV-2 Pandemic in Betim, Brazil
- Ana Valesca Fernandes Gilson Silva,
- Diego Menezes,
- Diego Menezes,
- Filipe Romero Rebello Moreira,
- Octávio Alcântara Torres,
- Paula Luize Camargos Fonseca,
- Paula Luize Camargos Fonseca,
- Rennan Garcias Moreira,
- Hugo José Alves,
- Hugo José Alves,
- Vivian Ribeiro Alves,
- Tânia Maria de Resende Amaral,
- Adriano Neves Coelho,
- Júlia Maria Saraiva Duarte,
- Augusto Viana da Rocha,
- Luiz Gonzaga Paula de Almeida,
- João Locke Ferreira de Araújo,
- João Locke Ferreira de Araújo,
- Hilton Soares de Oliveira,
- Nova Jersey Cláudio de Oliveira,
- Camila Zolini,
- Jôsy Hubner de Sousa,
- Elizângela Gonçalves de Souza,
- Rafael Marques de Souza,
- Rafael Marques de Souza,
- Luciana de Lima Ferreira,
- Luciana de Lima Ferreira,
- Alexandra Lehmkuhl Gerber,
- Ana Paula de Campos Guimarães,
- Paulo Henrique Silva Maia,
- Fernanda Martins Marim,
- Fernanda Martins Marim,
- Lucyene Miguita,
- Cristiane Campos Monteiro,
- Tuffi Saliba Neto,
- Fabrícia Soares Freire Pugêdo,
- Daniel Costa Queiroz,
- Daniel Costa Queiroz,
- Damares Nigia Alborguetti Cuzzuol Queiroz,
- Luciana Cunha Resende-Moreira,
- Franciele Martins Santos,
- Erika Fernanda Carlos Souza,
- Carolina Moreira Voloch,
- Ana Tereza Vasconcelos,
- Renato Santana de Aguiar,
- Renato Santana de Aguiar,
- Renato Santana de Aguiar,
- Renan Pedra de Souza,
- Renan Pedra de Souza
Affiliations
- Ana Valesca Fernandes Gilson Silva
- Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil
- Diego Menezes
- Programa de Pós Graduação em Genética, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Diego Menezes
- Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Filipe Romero Rebello Moreira
- Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
- Octávio Alcântara Torres
- Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil
- Paula Luize Camargos Fonseca
- Programa de Pós Graduação em Genética, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Paula Luize Camargos Fonseca
- Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Rennan Garcias Moreira
- Centro de Laboratórios Multiusuários, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Hugo José Alves
- Programa de Pós Graduação em Genética, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Hugo José Alves
- Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Vivian Ribeiro Alves
- Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil
- Tânia Maria de Resende Amaral
- Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil
- Adriano Neves Coelho
- Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil
- Júlia Maria Saraiva Duarte
- Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Augusto Viana da Rocha
- Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil
- Luiz Gonzaga Paula de Almeida
- Laboratório Nacional de Computação Científica, Petropólis, Brazil
- João Locke Ferreira de Araújo
- Programa de Pós Graduação em Genética, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- João Locke Ferreira de Araújo
- Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Hilton Soares de Oliveira
- Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil
- Nova Jersey Cláudio de Oliveira
- Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil
- Camila Zolini
- Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
- Jôsy Hubner de Sousa
- Programa de Pós-graduação em Biologia Celular, Departamento de Morfologia, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Elizângela Gonçalves de Souza
- Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil
- Rafael Marques de Souza
- Programa de Pós Graduação em Genética, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Rafael Marques de Souza
- Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Luciana de Lima Ferreira
- Programa de Pós Graduação em Genética, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Luciana de Lima Ferreira
- Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Alexandra Lehmkuhl Gerber
- Laboratório Nacional de Computação Científica, Petropólis, Brazil
- Ana Paula de Campos Guimarães
- Laboratório Nacional de Computação Científica, Petropólis, Brazil
- Paulo Henrique Silva Maia
- Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil
- Fernanda Martins Marim
- Programa de Pós Graduação em Genética, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Fernanda Martins Marim
- Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Lucyene Miguita
- Departamento de Patologia, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Cristiane Campos Monteiro
- Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil
- Tuffi Saliba Neto
- Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil
- Fabrícia Soares Freire Pugêdo
- Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil
- Daniel Costa Queiroz
- Programa de Pós Graduação em Genética, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Daniel Costa Queiroz
- Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Damares Nigia Alborguetti Cuzzuol Queiroz
- Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil
- Luciana Cunha Resende-Moreira
- Departamento de Botânica, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Franciele Martins Santos
- Programa de Pós-graduação em Biologia Celular, Departamento de Morfologia, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Erika Fernanda Carlos Souza
- Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil
- Carolina Moreira Voloch
- Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
- Ana Tereza Vasconcelos
- Laboratório Nacional de Computação Científica, Petropólis, Brazil
- Renato Santana de Aguiar
- Programa de Pós Graduação em Genética, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Renato Santana de Aguiar
- Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Renato Santana de Aguiar
- 0Instituto D’Or de Pesquisa e Ensino (IDOR), Rio de Janeiro, Brazil
- Renan Pedra de Souza
- Programa de Pós Graduação em Genética, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Renan Pedra de Souza
- Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- DOI
- https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.799713
- Journal volume & issue
-
Vol. 13
Abstract
The COVID-19 pandemic has created an unprecedented need for epidemiological monitoring using diverse strategies. We conducted a project combining prevalence, seroprevalence, and genomic surveillance approaches to describe the initial pandemic stages in Betim City, Brazil. We collected 3239 subjects in a population-based age-, sex- and neighborhood-stratified, household, prospective; cross-sectional study divided into three surveys 21 days apart sampling the same geographical area. In the first survey, overall prevalence (participants positive in serological or molecular tests) reached 0.46% (90% CI 0.12–0.80%), followed by 2.69% (90% CI 1.88–3.49%) in the second survey and 6.67% (90% CI 5.42–7.92%) in the third. The underreporting reached 11, 19.6, and 20.4 times in each survey. We observed increased odds to test positive in females compared to males (OR 1.88 95% CI 1.25–2.82), while the single best predictor for positivity was ageusia/anosmia (OR 8.12, 95% CI 4.72–13.98). Thirty-five SARS-CoV-2 genomes were sequenced, of which 18 were classified as lineage B.1.1.28, while 17 were B.1.1.33. Multiple independent viral introductions were observed. Integration of multiple epidemiological strategies was able to adequately describe COVID-19 dispersion in the city. Presented results have helped local government authorities to guide pandemic management.
Keywords