Long Open Reading Frame Transcripts Escape Nonsense-Mediated mRNA Decay in Yeast
Laurence Decourty,
Antonia Doyen,
Christophe Malabat,
Emmanuel Frachon,
Delphine Rispal,
Bertrand Séraphin,
Frank Feuerbach,
Alain Jacquier,
Cosmin Saveanu
Affiliations
Laurence Decourty
Génétique des Interactions Macromoléculaires, Institut Pasteur, CNRS UMR3525, 25-28 rue du docteur Roux, 75015 Paris, France
Antonia Doyen
Génétique des Interactions Macromoléculaires, Institut Pasteur, CNRS UMR3525, 25-28 rue du docteur Roux, 75015 Paris, France
Christophe Malabat
Génétique des Interactions Macromoléculaires, Institut Pasteur, CNRS UMR3525, 25-28 rue du docteur Roux, 75015 Paris, France
Emmanuel Frachon
Production de Protéines Recombinantes et d’Anticorps (PF5), Institut Pasteur, 25-28 rue du docteur Roux, 75015 Paris, France
Delphine Rispal
Equipe Labellisée La Ligue, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), INSERM U964/CNRS UMR 7104/Université de Strasbourg, 67404 Illkirch, France
Bertrand Séraphin
Equipe Labellisée La Ligue, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), INSERM U964/CNRS UMR 7104/Université de Strasbourg, 67404 Illkirch, France
Frank Feuerbach
Génétique des Interactions Macromoléculaires, Institut Pasteur, CNRS UMR3525, 25-28 rue du docteur Roux, 75015 Paris, France
Alain Jacquier
Génétique des Interactions Macromoléculaires, Institut Pasteur, CNRS UMR3525, 25-28 rue du docteur Roux, 75015 Paris, France
Cosmin Saveanu
Génétique des Interactions Macromoléculaires, Institut Pasteur, CNRS UMR3525, 25-28 rue du docteur Roux, 75015 Paris, France
Nonsense-mediated mRNA decay (NMD) destabilizes eukaryotic transcripts with long 3′ UTRs. To investigate whether other transcript features affect NMD, we generated yeast strains expressing chromosomal-derived mRNAs with 979 different promoter and open reading frame (ORF) regions and with the same long, destabilizing 3′ UTR. We developed a barcode-based DNA microarray strategy to compare the levels of each reporter mRNA in strains with or without active NMD. The size of the coding region had a significant negative effect on NMD efficiency. This effect was not specific to the tested 3′ UTR because two other different NMD reporters became less sensitive to NMD when ORF length was increased. Inefficient NMD was not due to a lack of association of Upf1 to long ORF transcripts. In conclusion, in addition to a long 3′ UTR, short translation length is an important feature of NMD substrates in yeast.
