Genes (Nov 2018)
Deep Multi-OMICs and Multi-Tissue Characterization in a Pre- and Postprandial State in Human Volunteers: The GEMM Family Study Research Design
- Raul A. Bastarrachea,
- Hugo A. Laviada-Molina,
- Edna J. Nava-Gonzalez,
- Irene Leal-Berumen,
- Claudia Escudero-Lourdes,
- Fabiola Escalante-Araiza,
- Vanessa-Giselle Peschard,
- Rosa A. Veloz-Garza,
- Karin Haack,
- Angélica Martínez-Hernández,
- Francisco M. Barajas-Olmos,
- Fernanda Molina-Segui,
- Fatima A. Buenfil-Rello,
- Lucia Gonzalez-Ramirez,
- Reinhard Janssen-Aguilar,
- Ricardo Lopez-Muñoz,
- Fernanda Perez-Cetina,
- Janeth F. Gaytan-Saucedo,
- Zoila Vaquera,
- Judith Cornejo-Barrera,
- Juan Carlos Castillo-Pineda,
- Areli Murillo-Ramirez,
- Sara P. Diaz-Tena,
- Benigno Figueroa-Nuñez,
- Laura González-López,
- Rocío A. Salinas-Osornio,
- Melesio E. Valencia-Rendón,
- José Ángeles-Chimal,
- Jesús Santa-Olalla Tapia,
- José M. Remes-Troche,
- Salvador B. Valdovinos-Chavez,
- Eira E. Huerta-Avila,
- Xianlin Han,
- Lorena Orozco,
- Ernesto Rodriguez-Ayala,
- Susan Weintraub,
- Esther C. Gallegos-Cabrales,
- Shelley A. Cole,
- Jack W. Kent
Affiliations
- Raul A. Bastarrachea
- Department of Genetics, Texas Biomedical Research Institute, San Antonio, TX 78227-0549, USA
- Hugo A. Laviada-Molina
- Escuela de Ciencias de la Salud, Universidad Marista de Mérida, Mérida 97300, Mexico
- Edna J. Nava-Gonzalez
- Facultad de Salud Pública y Nutrición (FASPyN), UANL, Monterrey 64460, Mexico
- Irene Leal-Berumen
- Facultad de Medicina y Ciencias Biomédicas, Universidad Autónoma de Chihuahua, Chihuahua 31125, Mexico
- Claudia Escudero-Lourdes
- Facultad de Ciencias Químicas, Universidad Autónoma de San Luis Potosí, San Luis Potosí 78240, Mexico
- Fabiola Escalante-Araiza
- Centro de Investigación en Ciencias de la Salud (CICSA), Facultad de Ciencias de la Salud, Universidad Anáhuac Norte, Lomas Anahuac 52786, Mexico
- Vanessa-Giselle Peschard
- Centro de Investigación en Ciencias de la Salud (CICSA), Facultad de Ciencias de la Salud, Universidad Anáhuac Norte, Lomas Anahuac 52786, Mexico
- Rosa A. Veloz-Garza
- Facultad de Enfermería, Universidad Autónoma de Nuevo León (UANL), Monterrey 64460, Mexico
- Karin Haack
- Department of Genetics, Texas Biomedical Research Institute, San Antonio, TX 78227-0549, USA
- Angélica Martínez-Hernández
- Laboratorio de Inmunogenómica y Enfermedades Metabólicas, Instituto Nacional de Medicina Genómica, Ciudad de México C.P. 14610, Mexico
- Francisco M. Barajas-Olmos
- Laboratorio de Inmunogenómica y Enfermedades Metabólicas, Instituto Nacional de Medicina Genómica, Ciudad de México C.P. 14610, Mexico
- Fernanda Molina-Segui
- Escuela de Ciencias de la Salud, Universidad Marista de Mérida, Mérida 97300, Mexico
- Fatima A. Buenfil-Rello
- Escuela de Ciencias de la Salud, Universidad Marista de Mérida, Mérida 97300, Mexico
- Lucia Gonzalez-Ramirez
- Escuela de Ciencias de la Salud, Universidad Marista de Mérida, Mérida 97300, Mexico
- Reinhard Janssen-Aguilar
- Escuela de Ciencias de la Salud, Universidad Marista de Mérida, Mérida 97300, Mexico
- Ricardo Lopez-Muñoz
- Escuela de Ciencias de la Salud, Universidad Marista de Mérida, Mérida 97300, Mexico
- Fernanda Perez-Cetina
- Department of Genetics, Texas Biomedical Research Institute, San Antonio, TX 78227-0549, USA
- Janeth F. Gaytan-Saucedo
- Department of Genetics, Texas Biomedical Research Institute, San Antonio, TX 78227-0549, USA
- Zoila Vaquera
- Department of Genetics, Texas Biomedical Research Institute, San Antonio, TX 78227-0549, USA
- Judith Cornejo-Barrera
- Departamento de Enseñanza, Postgrado e Investigación, Hospital Infantil de Tamaulipas, Ciudad Victoria 87150, Mexico
- Juan Carlos Castillo-Pineda
- Departamento de Nutrición Humana, Universidad Latina de América, Morelia, Michoacán 58170, Mexico
- Areli Murillo-Ramirez
- Departamento de Nutrición Humana, Universidad Latina de América, Morelia, Michoacán 58170, Mexico
- Sara P. Diaz-Tena
- Departamento de Nutrición Humana, Universidad Latina de América, Morelia, Michoacán 58170, Mexico
- Benigno Figueroa-Nuñez
- Clínica de Enfermedades Crónicas y Procedimientos Especiales (CECYPE), Morelia 58249, Mexico
- Laura González-López
- Universidad del Valle de Atemajac (UNIVA), Zapopan, Jalisco 45050, Mexico
- Rocío A. Salinas-Osornio
- Universidad del Valle de Atemajac (UNIVA), Zapopan, Jalisco 45050, Mexico
- Melesio E. Valencia-Rendón
- Universidad del Valle de Atemajac (UNIVA), Zapopan, Jalisco 45050, Mexico
- José Ángeles-Chimal
- Facultad de Medicina, Universidad Autónoma Estado de Morelos, Cuernavaca 62209, Mexico
- Jesús Santa-Olalla Tapia
- Facultad de Medicina, Universidad Autónoma Estado de Morelos, Cuernavaca 62209, Mexico
- José M. Remes-Troche
- Instituto de Investigaciones Médico-Biológicas, Universidad Veracruzana, Veracruz 91700, Mexico
- Salvador B. Valdovinos-Chavez
- Facultad de Enfermería, Universidad Autónoma de Nuevo León (UANL), Monterrey 64460, Mexico
- Eira E. Huerta-Avila
- Department of Genetics, Texas Biomedical Research Institute, San Antonio, TX 78227-0549, USA
- Xianlin Han
- Department of Medicine, Sam and Ann Barshop Institute for Longevity and Aging Studies, University of Texas Health San Antonio, San Antonio, TX 78229, USA
- Lorena Orozco
- Laboratorio de Inmunogenómica y Enfermedades Metabólicas, Instituto Nacional de Medicina Genómica, Ciudad de México C.P. 14610, Mexico
- Ernesto Rodriguez-Ayala
- Centro de Investigación en Ciencias de la Salud (CICSA), Facultad de Ciencias de la Salud, Universidad Anáhuac Norte, Lomas Anahuac 52786, Mexico
- Susan Weintraub
- Department of Biochemistry, University of Texas Health Science Center, San Antonio, TX 78229, USA
- Esther C. Gallegos-Cabrales
- Facultad de Enfermería, Universidad Autónoma de Nuevo León (UANL), Monterrey 64460, Mexico
- Shelley A. Cole
- Department of Genetics, Texas Biomedical Research Institute, San Antonio, TX 78227-0549, USA
- Jack W. Kent
- Department of Genetics, Texas Biomedical Research Institute, San Antonio, TX 78227-0549, USA
- DOI
- https://doi.org/10.3390/genes9110532
- Journal volume & issue
-
Vol. 9,
no. 11
p. 532
Abstract
Cardiovascular disease (CVD) and type 2 diabetes (T2D) are increasing worldwide. This is mainly due to an unhealthy nutrition, implying that variation in CVD risk may be due to variation in the capacity to manage a nutritional load. We examined the genomic basis of postprandial metabolism. Our main purpose was to introduce the GEMM Family Study (Genetics of Metabolic Diseases in Mexico) as a multi-center study carrying out an ongoing recruitment of healthy urban adults. Each participant received a mixed meal challenge and provided a 5-hours’ time course series of blood, buffy coat specimens for DNA isolation, and adipose tissue (ADT)/skeletal muscle (SKM) biopsies at fasting and 3 h after the meal. A comprehensive profiling, including metabolomic signatures in blood and transcriptomic and proteomic profiling in SKM and ADT, was performed to describe tendencies for variation in postprandial response. Our data generation methods showed preliminary trends indicating that by characterizing the dynamic properties of biomarkers with metabolic activity and analyzing multi-OMICS data it could be possible, with this methodology and research design, to identify early trends for molecular biology systems and genes involved in the fasted and fed states.
Keywords