АНАЛИЗ ВЛИЯНИЯ МУТАЦИЙ НА АФФИННОСТЬ СВЯЗЫВАНИЯ В КОМПЛЕКСАХ ACE2 И RBD S-БЕЛКА КОРОНАВИРУСОВ

Abstract

Методы, разрабатываемые для определения аффинности, имеют как и прикладное значение при поиске и разработке новых лекарств, так и значение для фундаментальной биофизики – поиск основных паттернов взаимодействия и автоматизированное описание систем интерфейсов белковых структур. В данной работе произведена оценка экспериментально полученных структур 30 комплексов рецептора ACE2 (Ангиотензинпревращающий фермент 2) с RDB (S-белок мутантного и дикого типа коронавирусов SARS-CoV и SARS-CoV-2, включая многочисленные мутантные формы последнего). Также проведен детальный структурный анализ, выявлены статистически значимые основные структурные элементы, вносящие высокий вклад в аффинность для комплексов с сильным связыванием (Kd < 30 nM). Полученная модель позволяет по-новому взглянуть на присутствие и вклад отдельных атомных групп в аффинность.

Keywords

• белок-белковые взаимодействия
• аффинность связывания
• коронавирус
• rbd-ace2
• биоинформатика
• protein-protein interactions
• binding affinity
• coronavirus
• rbd-ace2
• bioinformatics