Hubungan metode deparafinisasi dengan kuantitas dan kualitas ekstrak dna hasil isolasi dari sampel arsip jaringan dalam blok parafin terfiksasi formalin

Abstract

Kuantitas dan kualitas hasil ekstraksi DNA dari jaringan FFPE sangat tergantung dari proses awal yang harus dilakukan pada sampel sebelum masuk kedalam tahapan ekstraksi DNA. Proses awal yang sangat menentukan keberhasilan ekstraksi DNA ini adalah proses deparafinisasi, yaitu proses penghilangan parafin jaringan dari parafin. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan kualitas DNA yang diambil dari sampel arsip FFPE (Formalin-fixed paraffin-embedded tissue) dengan metode deparafinisasi menggunakan xylene dan mineral oil di RSUP Dr. Mohammad Hoesin Palembang. Sebanyak 16 sampel arsip FFPE diambil dari Laboratorium Patologi Anatomi RSUP dr. Mohammad Hoesin Palembang. Seluruh sampel kemudian dibagi menjadi 2 bagian sama rata kemudian dilakukan proses deparafinisasi menggunakan xylene dan mineral oil. DNA yang telah diisolasi akan diuji kuantitasnya menggunakan spektrofotometer dengan panjang gelombang 260nm. Uji kualitas akan dilakukan dengan menghitung OD Ratio 260nm:280nm. Selain itu DNA juga akan diamplifikasi lalu dilakukan visualisasi dengan sinar UV. Konsentrasi yang didapatkan kemudian diuji dengan uji Wilcoxon dan menunjukkan adanya hubungan signifikan antara metode deparafinisasi dan konsentrasi yang didapat (P=0.036). Primer beta-actin (524bp)tidak ditemukan potongan gen yang diinginkan setelah elektroforesis, kemudian diuji dengan primer Mitin (142bp) menunjukan potongan gen yang diinginkan pada saat elektroforesis dan visualisasi UV.Terdapat hubungan yang signifikan antara metode deparafinisasi FFPE dengan kuantitas dan kualitas DNA yang didapat.