International Journal of Infectious Diseases (Apr 2021)
Chikungunya virus ECSA lineage reintroduction in the northeasternmost region of Brazil
- Joilson Xavier,
- Vagner Fonseca,
- Joao Felipe Bezerra,
- Manoella do Monte Alves,
- Maria Angélica Mares-Guia,
- Ingra Morales Claro,
- Ronaldo de Jesus,
- Talita Adelino,
- Emerson Araújo,
- Karina Ribeiro Leite Jardim Cavalcante,
- Stephane Tosta,
- Themis Rocha de Souza,
- Flavia Emanuelle Moreira da Cruz,
- Allison de Araújo Fabri,
- Elaine Cristina de Oliveira,
- Noely Fabiana Oliveira de Moura,
- Rodrigo Fabiano do Carmo Said,
- Carlos Frederico Campelo de Albuquerque,
- Vasco Azevedo,
- Tulio de Oliveira,
- Ana Maria Bispo de Filippis,
- Rivaldo Venâncio da Cunha,
- Kleber Giovanni Luz,
- Marta Giovanetti,
- Luiz Carlos Junior Alcantara
Affiliations
- Joilson Xavier
- Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Vagner Fonseca
- Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil; Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil; KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP), University of KwaZuluNatal, Durban, South Africa
- Joao Felipe Bezerra
- Laboratório Central de Saúde Pública do Rio Grande do Norte Dr. Almino Fernandes, Natal, Brazil; Escola Técnica de Saúde, Universidade Federal da Paraíba, Brazil
- Manoella do Monte Alves
- Departamento de Infectologia, Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Natal, Brazil
- Maria Angélica Mares-Guia
- Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil
- Ingra Morales Claro
- Instituto de Medicina Tropical e Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil
- Ronaldo de Jesus
- Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Talita Adelino
- Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Emerson Araújo
- Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil
- Karina Ribeiro Leite Jardim Cavalcante
- Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil
- Stephane Tosta
- Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Themis Rocha de Souza
- Secretaria de Saúde do Estado do Rio Grande do Norte, Brazil
- Flavia Emanuelle Moreira da Cruz
- Secretaria de Saúde do Estado do Rio Grande do Norte, Brazil
- Allison de Araújo Fabri
- Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil
- Elaine Cristina de Oliveira
- Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso, Cuiabá, Brazil
- Noely Fabiana Oliveira de Moura
- Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil
- Rodrigo Fabiano do Carmo Said
- Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil
- Carlos Frederico Campelo de Albuquerque
- Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil
- Vasco Azevedo
- Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Tulio de Oliveira
- KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP), University of KwaZuluNatal, Durban, South Africa
- Ana Maria Bispo de Filippis
- Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil
- Rivaldo Venâncio da Cunha
- Fundação Oswaldo Cruz Pantanal, Campo Grande, Brazil
- Kleber Giovanni Luz
- Departamento de Infectologia, Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Natal, Brazil
- Marta Giovanetti
- Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil
- Luiz Carlos Junior Alcantara
- Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil; Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil; Corresponding author at: Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.
- Journal volume & issue
-
Vol. 105
pp. 120 – 123
Abstract
The Northeast region of Brazil registered the second-highest incidence proportion of Chikungunya fever in 2019. In that year, an outbreak consisting of patients presenting with febrile disease associated with joint pain was reported by the public primary health care service in the city of Natal, in the state of Rio Grande do Norte, in March 2019. At first, the aetiological agent of the disease was undetermined. Since much is still unknown about chikungunya virus' (CHIKV) genomic diversity and evolutionary history in this northeasternmost state, we used a combination of portable whole-genome sequencing, molecular clock, and epidemiological analyses that revealed the reintroduction of the CHIKV East-Central-South-African (ECSA) lineage into Rio Grande do Norte. We estimated that the CHIKV ECSA lineage was first introduced into Rio Grande do Norte in early June 2014, while the 2019 outbreak clade diverged around April 2018, during a period of increased Chikungunya incidence in the Southeast region, which might have acted as a source of virus dispersion towards the Northeast region. Together, these results confirm that the ECSA lineage continues to spread across the country through interregional importation events, likely mediated by human mobility.
