A eficiência dos biofiltros depende da comunidade microbiana, portanto é crucial conhecer a dinâmica estrutural/funcional e identificar os principais gêneros microbianos ligados ao tratamento de gases tóxicos, como o sulfeto de hidrogênio (H2S). Este trabalho investigou a dinâmica estrutural ligada à predição funcional das comunidades microbianas de um biofiltro em escala real instalado próximo a uma estação elevatória de esgoto. A amostragem e a análise foram conduzidas por 720 dias. O sequenciamento Illumina 16S rRNA foi usado para avaliar o perfil taxonômico, seguido pela avaliação putativa de genes funcionais. A eficiência de remoção de H2S atingiu 90% da concentração do composto na entrada já na metade da altura do leito filtrante. A variável espacial teve maior efeito sobre a comunidade microbiana. Estudos focados no comportamento e estrutura bacteriana em sistemas de biofiltração ainda são escassos, e somente com mais pesquisas poderemos entender a dinâmica comportamental.