Studi In Silico: Hasil BLAST Gen Clock pada Megapodiidae

Abstract

Gen clock merupakan salah satu gen yang berperan penting dalam mengontrol ritme harian dan perilaku hewan. Beberapa jenis burung memiliki kerentanan terhadap kondisi fisik lingkungan yang berubah-ubah, seperti kelompok burung dari famili megapodiidae. Urutan nukleotida gen target diperoleh dari beberapa spesies Megapodiidae di GenBank dengan kode akses KY762758.1 (Megapodius eremite) dan KY762668.1 (Alectura lathami). Penelitian ini menggunakan metode komputasi, semua data yang diperoleh dihasilkan dari analisis secara in silico urutan nukleotida gen target. Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis beberapa informasi penting, terkait filogenetik dan perkembangan database gen clock pada Megapodiidae di GenBank. Urutan nukleotida gen clock pada Megapodius eremite mempunyai panjang 530 bp, nilai identitas 100 % (530/530), Gaps 0 % (0/530), Strand Plus/Plus, Expect 0.0 dan Skor 961 bits (520). Urutan nukleotida gen clock pada Alectura lathami mempunyai panjang 522 bp, nilai identitas 97 % (514/530), Gaps 1 % (8/530), Strand Plus/Plus, Expect 0.0 dan Skor 894 bits (484). Hasil Run BLAST menggambarkan bahwa informasi sequence gen clock pada Megapodiidae masih sangat jarang dikaji dan diteliti, sehingga informasi dasar terkait gen clock dari sebagian besar spesies kelompok Megapodiidae belum terdaftar di GenBank sehingga hal ini sangat mempengaruhi studi lanjut terkait gen clock pada Megapodiidae yang sangat dibutuhkan untuk keperluan riset-riset selanjutnya dibidang molekuler atau bahkan konservasi.

Keywords

• in silico
• clock
• megapodiidae