Journal of Taibah University Medical Sciences (Jun 2024)
Profiling of microRNAs by next-generation sequencing: Potential biomarkers for diffuse large B-cell lymphoma
Abstract
الملخص: أهداف البحث: سرطان الغدد الليمفاوية يحتل المرتبة الخامسة بين أنواع السرطان الشائعة في جميع أنحاء العالم. سرطان الجهاز اللمفاوي هو الذي ينشأ من الخلايا التائية أو البائية. ترتبط الأورام اللمفاوية ذات الخلايا البائية الكبيرة المنتشرة بالغالبية العظمى من الأورام اللمفاوية اللاهودجكينية. يمكن أن تؤثر الرناوات الدقيقة غير المشفرة بشكل كبير على التعبير الجيني. يمكن استهداف العديد من الجينات بواسطة واحدة من الرناوات الدقيقة، وبالتالي، تؤثر بشكل كبير على شبكات التعبير الجيني. يمكن أن تعمل الرناوات الدقيقة كجينات مسرطنة أو مثبطات للورم للتحكم في تطور الأورام اللمفاوية في الخلايا البائية الكبيرة. بحثت هذه الدراسة في دور الرناوات الدقيقة في مرضى سرطان الغدد الليمفاوية في الخلايا البائية الكبيرة المنتشرة باستخدام تسلسل الجيل التالي، والذي أظهر الحساسية والدقة والمتانة. طريقة البحث: شملت الدراسة 7 مرضى و3 عناصر تحكم حضروا عيادة أمراض الدم والأورام. تم استخراج الرناوات الدقيقة من عينات الأنسجة الموجودة المضمنة بالفورمالين والمضمنة بالبرافين. تم استخدام تسلسل الجيل التالي (نظام إليومينا) لتسلسل العينات لتحديد ملامح الرناوات الدقيقة. النتائج: أظهرت عينات المرضى العديد من الرناوات الدقيقة مير-هسا (1248، 3607، 21، 142، 1244، 182، 6516، 766، 1291، 4449، و181أ)، في حين أظهرت العينات من الأفراد الأصحاء مير-هسا 14248، 3607، 21، 142 و 877. من المعروف أن مير-هسا-877-3ب يستهدف جينات متعددة، وتتفاعل الرناوات الدقيقة مثل مير-هسا-877-3ب و مير-هسا-1291 و مير-هسا-181أ-5ب في الغالب مع الجينات المستهدفة. الاستنتاجات: تشير ملفات تعريف الرناوات الدقيقة من الأنسجة المنتشرة التي تحتوي على الفورمالين والثابتة والمضمنة بالبرافين لمرضى سرطان الغدد الليمفاوية في الخلايا البائية الكبيرة إلى أن مستويات الرناوات الدقيقة يمكن أن تميز مرضى سرطان الغدد الليمفاوية في الخلايا البائية الكبيرة المنتشرة عند مقارنتها بالضوابط. لذلك يمكن أن تكون بمثابة علامة حيوية تشخيصية أو تنبؤية للأورام اللمفاوية ذات الخلايا البائية الكبيرة المنتشرة. يمكن أيضا أن تكون الجينات المتغيرة و الرناوات الدقيقة أهدافا علاجية محتملة. Abstract: Background: Lymphoma ranks fifth in prevalence among common cancer types worldwide. This lymphatic system cancer arises from T or B cells. Diffuse large B cell lymphomas (DLBCLs) are associated with most non-Hodgkin lymphomas. Non-coding microRNAs (miRNAs) greatly affect gene expression. A single miRNA can target numerous genes, thus largely influencing gene expression networks. MiRNAs can act as oncogenes or tumor suppressors in controlling DLBCL progression. This study investigated the roles of miRNAs in patients with DLBCL through next-generation sequencing, which was found to be sensitive, accurate, and robust. Methods: The study involved seven patients with DLBCLs and three controls at a hematology-oncology clinic. MiRNA was extracted from existing formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue specimens. Illumina next-generation sequencing was used to sequence samples for miRNA profiling. Results: Samples from patients showed expression of various hsa-mir miRNAs (1248, 3607, 21, 142, 1244, 182, 6516, 766, 1291, 4449, and 181a), whereas those from healthy individuals showed expression of hsa-mir 1248, 3607, 21, 142, and 877. Hsa-mir-877-3p is known to target multiple genes, and miRNAs such as hsa-mir-877-3p, hsa-mir-1291, and hsa-mir-181a-5p interact primarily with target genes. Conclusions: MiRNA profiling in FFPE tissues from patients with DLBCL suggested that miRNA levels can distinguish patients with DLBCL from controls, and therefore may provide prognostic or diagnostic biomarkers for DLBCL. Altered genes and miRNAs may also be potential therapeutic targets.
