A preliminary identification of PIN1 SNP linkage in patients with coronary heart disease from Handan, China

Abstract

Our aim was to perform an initial assessment of the polymorphic patterns of the PIN1 gene in patients with coronary heart disease (CHD). The PIN1-encoded protein (Pin1) suppresses eNOS-NO signaling and may impair cardiovascular function. Blood collection, DNA extraction, PCR amplification and gene sequencing were performed for thirty CHD participants living in central China, focusing on nine single nucleotide polymorphisms (SNPs). Their genetic linkages were revealed and their allele frequencies were compared with SNP data from the NCBI. Three major linkage patterns were identified: [1.rs2287839-5.rs2233682], [3.rs2233679-4.rs1077220–8.rs2287838] and [6.rs889162-7.rs2010457], suggesting correlated involvement in CHD and possible simultaneous genetic origin in ancient times. The frequencies of six SNPs are consistent with the NCBI data, while the frequencies of three SNPs (2.rs2233678, 4.rs1077220 and 9.rs4804461) are not consistent with the NCBI. Especially, the 3.rs2233679–4.rs1077220 linkage is different from other populations worldwide and may be an interesting genetic characteristic of Chinese CHD patients. Predictably, 1.rs2287839, 2.rs2233678, 3.rs2233679 and 5.rs2233682 may be strongly associated with CHD risk, although this requires future verification. The PIN1 SNP linkages lay a new genetic foundation for discovering novel molecular mechanisms of CHD and for exploring PIN1-based targeted treatment of CHD with nitric oxide regulatory therapies in clinical practice. Resumo: O objetivo deste estudo é avaliar os polimorfismos do gene PIN1 em doentes com doença arterial coronária (DAC). A proteína codificada pelo gene PIN1 (Pin1) suprime a sinalização eNOS-NO e pode afetar a função cardiovascular. Foram incluídos 30 indivíduos com DAC, residentes na China central, a quem foi recolhido sangue, extraído e amplificado o DNA por PCR. Foram estudados nove polimorfismos de nucleótidos únicos (SNPs) do gene PIN1. As suas associações genéticas foram estudadas e as frequências de alelo foram comparadas com os dados de SNPs do NCBI. Foram identificados três grandes padrões de linkage: [1.rs2287839-5.rs2233682], [3.rs2233679-4.rs107220-8.rs2287838] e [6.rs889162-7.rs2010457], sugerindo o seu envolvimento na DAC e possível origem genética simultânea histórica. As frequências de seis dos SNPs foram consistentes com os dados do NCBI, enquanto as frequências de três dos SNPs (2.rs2233678, 4.rs1077220 e 9.rs4804461) não foram consistentes com o NCBI. Especificamente, a ligação 3.rs2233679-4.rs1077220 é diferente de outras populações mundiais e poderá constituir uma característica genética específica dos doentes chineses com DAC. Previsivelmente, 1.rs2287839, 2.rs2233678, 3.rs2233679 e 5.rs2233682 podem estar particularmente associados ao risco de DAC, requerendo validação ulterior. As ligações PIN1-SNP estabelecem uma nova base genética para a descoberta de novos mecanismos moleculares da DAC e para explorar o tratamento de precisão da DAC com medicamentos reguladores do óxido nítrico, baseado nos polimorfismos do gene PIN1.

Keywords

• Doença coronária
• PIN1
• SNP
• Linkage genético
• eNOS
• Óxido nítrico