Associations between BCL11A and HBS1L-MYB polymorphisms and thalassemia risk

Abstract

الملخص: أهداف البحث: تناولت هذه الدراسة التحقيق في العلاقة بين ثلاثة متغيرات جينية: آر اس 4671393 و آر اس 1427407 و آر اس 11886868 تقع داخل جين ''بي سي ال 11 أ'' ومتغير واحد آر اس 9399137 في جين ''اتش بي اس 1 ال-ام واي بي''، وارتباطهم المحتمل بمرض الثلاسيميا لدى المرضى من سكان البنجاب، باكستان. طريقة البحث: تم استقطاب مجموعة مكونة من 600 مشارك من مستشفيات مختلفة في البنجاب، باكستان. وقد ضمت المجموعة 300 مريض بالثلاسيميا و300 من الضوابط الأصحاء المطابقين في العمر والجنس. وتم استخراج الحمض النووي من عينات الدم الكاملة لجميع المشاركين. وتم تضخيم مناطق الحمض النووي المحددة التي تحتوي على أربعة متغيرات وراثية ذات أهمية باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل. النتائج: تشير الترددات الجينية تعدد أشكال النوكليوتيد المفردة لـ آر اس 4671393 من جين ''بي سي ال 11 أ'' إلى أن النمط الجيني المتغاير (أ ج) لـ تعدد أشكال النوكليوتيد المفردة كان مرتبطا بشكل كبير بزيادة خطر الإصابة بالثلاسيميا بمقدار الضعف تقريبا مقارنة بالمجموعة المرجعية. كما أكد الجمع بين جميع الأنماط الجينية في نموذج مشترك وجود ارتباط كبير بزيادة خطر الإصابة بالثلاسيميا. وعلى غرار آر اس 4671393، أظهر النمط الجيني المتغاير(س ت) لـ آر اس 11886868 أيضا ارتباطا كبيرا بزيادة خطر الإصابة بالثلاسيميا بمقدار الضعف تقريبا. كشف تحليل كلا النمطين الجينيين معا عن ارتباط طفيف مع زيادة بمقدار ضعف واحد في خطر الإصابة بالثلاسيميا للأفراد الذين يحملون أي أليل متغير من آر اس 11886868. أظهرت حالات التوزيع الأليلي لـ آر اس 1427407 للجين ''بي سي ال 11 أ'' أن النمط الجيني المتغاير (ت ج) لـ آر اس 1427407 أظهر ارتباطا مهما بزيادة في خطر الإصابة بالثلاسيميا بمقدار الضعف تقريبا مقارنة بالمجموعة المرجعية. أكد الجمع بين جميع الأنماط الجينية في نموذج مشترك وجود ارتباط مهم بين وجود أي أليل متغير لـ آر اس 1427407 وزيادة في خطر الإصابة بالثلاسيميا بمقدار الضعف. أظهرت ترددات التوزيع الجيني المتغاير (ت س) لـ آر اس 9399137 لجين ''اتش بي اس 1 ال-ام واي بي'' مشابهة لـ آر اس 1427407، أظهر النمط الجيني المتغاير (س ت) لـ آر اس 9399137 ارتباطا مهما للغاية بزيادة في خطر الإصابة بالثلاسيميا بمقدار الضعف تقريبا. أظهر تحليل كلا النمطين الجينيين معا وجود ارتباط كبير مع زيادة خطر الإصابة بالثلاسيميا بمقدار ضعف واحد للأفراد الذين يحملون أي متغير من أليل آر اس 9399137. Abstract: Objectives: This study investigated the associations of the rs4671393, rs1427407, and rs11886868 genetic variants of the BCL11A gene and the rs9399137 variant of the HBS1L-MYB gene with thalassemia in patients from the population of Punjab, Pakistan. Methods: A cohort of 600 participants, comprising 300 patients with thalassemia and 300 age- and sex-matched healthy controls, was recruited from various hospitals in Punjab, Pakistan. DNA was extracted from whole blood samples from all participants. Specific DNA regions containing four genetic variants of interest were amplified with polymerase chain reaction. Results: The genotypic frequencies of the rs4671393 SNP of BCL11A indicated that the heterozygous (AG) genotype of this SNP was significantly associated with a nearly two-fold increased thalassemia risk, with respect to the control group (OR = 1.77; 95% CI = 1.77–2.80; p = 0.01). Combining all genotypes into a joint model further confirmed their significant association with thalassemia risk. Similarly to the findings for rs4671393, the heterozygous (CT) genotype of rs11886868 exhibited a significant association with thalassemia risk (approximately two-fold increased risk. Analysis of both genotypes together revealed a marginally significant association (one-fold increased risk) with thalassemia in individuals carrying any variant allele of rs11886868. The allelic distribution of the rs1427407 SNP of BCL11A indicated that the heterozygous (GT) genotype of this SNP was significantly associated with thalassemia (approximately two-fold increased risk, with respect to the control group). Combining all genotypes into a joint model confirmed a significant association between the presence of any variant allele of rs1427407 and thalassemia (two-fold increased risk). The genotypic distribution frequencies of the heterozygous (CT) genotype for the rs9399137 SNP of HBS1L-MYB was similar to that of rs1427407, and exhibited a highly significant association with thalassemia risk (nearly two-fold increased risk). Analysis of both genotypes together revealed a significant association with thalassemia risk (one-fold increase) for individuals carrying any variant allele of rs9399137. Conclusion: BCL11A and HBS1L-MYB polymorphisms were significantly associated with increased thalassemia risk.

Keywords

• BCL11A gene
• Fetal hemoglobin
• Fetal switch
• HbF
• Hemoglobinopathies
• rs4671393