Os Núcleos de Estudo em Agroecologia (NEAs), presentes em universidades, institutos tecnológicos e centros de pesquisa agropecuária federais e estaduais, representam um dos mais importantes legados da Política Nacional de Assistência Técnica e Extensão Rural (Pnater) de 2003, materializados também por meio da Política Nacional de Agroecologia e Produção Orgânica (Pnapo), e é um marco de destaque entre as conquistas do movimento agroecológico brasileiro. Neste artigo, discutimos a trajetória da concepção, implementação e atuação do NEA da Universidade de Brasília (UnB), e apresentamos uma contextualização das realidades socioprodutivas em cada um dos quatro territórios de atuação do NEA: Chapadinha-DF; bacia do Pipiripau-DF; Mambaí-GO; e Noroeste de Minas-MG. O objetivo é contribuir para a discussão dos desafios de implementação e atuação dos Núcleos de Agroecologia nas universidades e compartilhar algumas lições aprendidas, assim como expectativas de continuidade em um cenário político pouco favorável à agroecologia no país.