تحقیقات تولیدات دامی (May 2023)

مطالعه پویش کل ژنوم بر پایه غنی سازی مجموعه های ژنی صفات مهم اقتصادی در بلدرچین ژاپنی

  • حسین محمّدی,
  • امیر حسین خلت آبادی فراهانی,
  • محمد حسین مرادی

DOI
https://doi.org/10.22124/ar.2023.20946.1657
Journal volume & issue
Vol. 12, no. 1
pp. 65 – 78

Abstract

Read online

در این پژوهش، به منظور شناسایی ژن­ها و مسیرهای مرتبط با برخی صفات اقتصادی، مطالعه پویش کل ژنوم بر مبنای تجزیه غنی­سازی مجموعه­های ژنی با استفاده از یک تراشه چندشکلی تک نوکلئوتیدی (SNP) ژنوم بلدرچین ژاپنی (­illumina iSelect 4K) در یک جمعیت F2 حاصل از تلاقی دوطرفه انجام شد. به ازای هر پرنده، صفات میزان خوراک مصرفی، افزایش وزن بدن، ضریب تبدیل خوراک، خاکستر استخوان درشت­نی و پا اندازه­گیری شد. با استفاده از نرم­افزار GCTA و بر اساس مدل خطی مختلط ارتباط هر یک از SNP­ها با هر یک از صفات بررسی شد. تجزیه غنی­سازی مجموعه­های ژنی با بسته نرم­افزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی طبقات عملکردی و مسیرهای زیستی ژن­های نزدیک در مناطق ژنومی کاندیدا انجام شد و در نهایت برای تجزیه بیوانفورماتیکی از پایگاه­های برخط DAVID و PANTHER استفاده شد. در این پژوهش، تعداد 11 نشانگر SNP واقع روی کروموزوم­های 2، 3، 4، 5، 10، 18، 20، 24 و 27 شناسایی شدند که با ژن­های NPY، DRD2، PTPRN2، BMPR1B، MYF5، IGF2BP1، MYO1E، FGF2، LDB2، BMP4، ACOX1، PCK1، PLCB4، PLCB1 و PLCG1 مرتبط بودند. در تجزیه غنی­سازی مجموعه ژنی، تعداد 23 طبقات هستی­شناسی و مسیرهای بیوشیمیایی KEGG با صفات مورد بررسی شناسایی شد (05/0>P). از این بین، طبقات هستی­شناسی Protein glycosylation، Myoblast differentiation،Positive regulation of muscle cell differentiation ، مسیرهای بیوشیمیایی MAPK signaling pathway و Calcium signaling pathway نقش مهمی در توسعه الیاف عضلانی اسکلتی، مصرف خوراک و قابلیت جذب داشتند. با توجه به تأیید مناطق قبلی پویش ژنومی و شناسایی مناطق ژنومی جدید، استفاده از یافته­های این پژوهش می­تواند در انتخاب ژنتیکی با هدف بهبود تولید، مفید باشد.

Keywords