La Base de données Mapgena

Abstract

La base de données Mapgena a un double objectif : regrouper et gérer les informations utiles aux programmes d’étude du génome (cartographie, détection de QTL, analyse de populations) et ses applications ; créer des interfaces entre ces données et les outils d’analyse (crimap, linkage, qtlmap, phylip, génépop, fstat...). Elle est multi-espèce et contient des typages variés (protéines, hémotypes, gènes, microsatellites, RFLP...) ainsi que des caractères divers pour les performances. Cette base de données sous Oracle et son application développée avec l’AGL Uniface sont accessibles sur le serveur dga5 au Centre de Traitement de l’Information Génétique. A ce jour, les programmes de recherches gérés dans Mapgena sont : les programmes de détection de QTL dans plusieurs espèces (bovins laitiers, porcs, poule), le programme international de cartographie génétique chez le cheval ainsi que les données de typage dans le programme de sélection des reproducteurs chez les caprins.